[日本語] English
万見
- PDB-5knj: Pseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 1. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5knj
タイトルPseudokinase Domain of MLKL bound to Compound 1.
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードMEMBRANE PROTEINS/INHIBITOR (生体膜) / Pseudokinase domain MLKL Compound 1 GFE Out Type 2 inhibitor / MEMBRANE PROTEINS-INHIBITOR complex (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / 細胞結合 / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / 細胞結合 / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6UX / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Marcotte, D.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: ATP-Competitive MLKL Binders Have No Functional Impact on Necroptosis.
著者: Ma, B. / Marcotte, D. / Paramasivam, M. / Michelsen, K. / Wang, T. / Bertolotti-Ciarlet, A. / Jones, J.H. / Moree, B. / Butko, M. / Salafsky, J. / Sun, X. / McKee, T. / Silvian, L.F.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Data collection / Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6134
ポリマ－64,4662
非ポリマー1,1472
水1,964109
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8072
ポリマ－32,2331
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8072
ポリマ－32,2331
非ポリマー5741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.488, 90.879, 115.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 193 - 468 / Label seq-ID: 5 - 280

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 32233.166 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 191-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB16
#2: 化合物 ChemComp-6UX / 1-[4-[methyl-[2-[(3-sulfamoylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]-3-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]urea


分子量: 573.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22F3N7O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Na Citrate and 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→49.29 Å / Num. obs: 13598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 98117
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.88-3.047.10.8681390919560.8210.3480.9362.5100
9.11-49.296.20.07630254900.9940.0330.08419.699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MWI

4mwi


解像度: 2.88→71.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 17.434 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 674 5 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1955 12882 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.21 Å2 / Biso mean: 46.866 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.88→71.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 80 109 4189
Biso mean--39.3 46.35 -
残基数----511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6862.0025639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9123.0089183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9695506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66123.966174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50915735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.041527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2444.7062041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2434.7062042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.267.0512542
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15720 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 42 -
Rwork0.317 946 -
all-988 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る