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- PDB-5khc: Structure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5khc
タイトルStructure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into sub-tomogram averaged surface spike density of rubella virus
構成要素E1 glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Rubella virus (風疹ウイルス) / surface glycoprotein spike / E1-E2 heterodimer
機能・相同性Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1 / T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1 / T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral nucleocapsid / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / integral component of membrane / Structural polyprotein
機能・相同性情報
試料の由来Rubella virus (風疹ウイルス)
実験手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 11.1 Å 分解能
データ登録者Mangala Prasad, V. / Klose, T. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / : 2017
タイトル: Assembly, maturation and three-dimensional helical structure of the teratogenic rubella virus.
著者: Vidya Mangala Prasad / Thomas Klose / Michael G Rossmann
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年6月14日 / 公開: 2017年5月10日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年5月10日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年6月14日Structure modelDatabase referencescitation_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
1.22017年9月13日Structure modelAuthor supporting evidence / Data collectionem_image_scans / pdbx_audit_support_pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5731
ポリマ-50,5731
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)0
ΔGint (kcal/M)0
Surface area (Å2)20940

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド E1 glycoprotein / p110


分子量: 50573.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 583-1018) / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 発現宿主: Cercopithecus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: P08563

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量: 0.085 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer ID
10.02 MTrisC4H11NO31
20.12 Msodium chlorideNaCl1
30.001 MEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 1 mg/ml
詳細: Rubella virus was purified from Vero cells. Glycoprotein spike volumes were extracted from the surface of virus tomograms.
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 / グリッドのタイプ: Quantifoil R 1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 11000 / 最大 デフォーカス(公称値): 500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1IMOD/PEET4.8.40/1.11.0volume selection
2LeginonTomgraphy 3.1image acquisition
4IMOD4.8.40CTF correction
7EMfitmodel fitting
11PEET1.11.0final Euler assignment
12PEET1.11.0classification
13PEET1.11.03D reconstruction
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 11.1 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7290 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection実験手法: manual picking / Number of tomograms: 15 / Number of volumes extracted: 7500
原子モデル構築精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL / 当てはまり具合の基準: sumf
原子モデル構築PDB-ID: 4ADG
Pdb chain ID: A / Pdb chain residue range: 1-421

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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