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- PDB-5khc: Structure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5khc
タイトルStructure of rubella virus E1 glycoprotein ectodomain fitted into sub-tomogram averaged surface spike density of rubella virus
記述子E1 glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Rubella virus / surface glycoprotein spike / E1-E2 heterodimer
試料の由来Rubella virus / ウイルス / RUBV / 風疹ウイルス
手法電子顕微鏡 (11.1 Å 分解能 / Particle / サブトモグラム平均化)
データ登録者Mangala Prasad, V. / Klose, T. / Rossmann, M.G.
引用PLoS Pathog., 2017, 13, e1006377-e1006377

PLoS Pathog., 2017, 13, e1006377-e1006377 万見文献
Assembly, maturation and three-dimensional helical structure of the teratogenic rubella virus.
Vidya Mangala Prasad / Thomas Klose / Michael G Rossmann

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年6月14日 / 公開: 2017年5月10日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年5月10日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年6月14日Structure modelDatabase referencescitation_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
1.22017年9月13日Structure modelAuthor supporting evidence / Data collectionem_image_scans / pdbx_audit_support_pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8248
  • UCSF CHIMERAによる作画
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集合体

登録構造単位
A: E1 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5731
ポリマ-50,5731
非ポリマ-00
0
#1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)0
ΔGint (kcal/M)0
Surface area (Å2)20940

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構成要素

#1: L型ポリペプチドE1 glycoprotein / p110


分子量: 50573.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 583-1018)
由来: (組換発現) Rubella virus / ウイルス / 風疹ウイルス
参照: UniProt: P08563

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell (GO: 0075512)
  • fusion of virus membrane with host endosome membrane (GO: 0039654)
  • virion attachment to host cell (GO: 0019062)

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実験情報

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実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SUBTOMOGRAM AVERAGING

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試料調製

構成要素名称: Rubella virus E1-E2 glycoprotein spike / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量: 0.085 deg. / 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度単位名称Buffer ID
10.02MTrisC4H11NO31
20.12Msodium chlorideNaCl1
30.001MEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 1 mg/ml
詳細: Rubella virus was purified from Vero cells. Glycoprotein spike volumes were extracted from the surface of virus tomograms.
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 / グリッドのタイプ: Quantifoil R 1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 11000 / 最大 デフォーカス(公称値): 500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm
撮影電子線照射量: 90 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing IDImaging IDFitting ID
1IMOD/PEET4.8.40/1.11.0VOLUME SELECTION1
2LeginonTomgraphy 3.1IMAGE ACQUISITION1
4IMOD4.8.40CTF CORRECTION1
7EMfitMODEL FITTING1
11PEET1.11.0FINAL EULER ASSIGNMENT1
12PEET1.11.0CLASSIFICATION1
13PEET1.11.0RECONSTRUCTION1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1
3次元再構成分解能: 11.1 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7290 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: manual picking / Number of tomograms: 15 / Number of volumes extracted: 7500
原子モデル構築精密化のプロトコル: RIGID BODY FIT / 精密化に使用した空間: REAL / 当てはまり具合の基準: sumf
原子モデル構築PDB-ID: 4ADG
Pdb chain ID: A / Pdb chain residue range: 1-421

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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