[日本語] English
万見
- PDB-5kel: EBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kel
タイトルEBOV GP in complex with variable Fab domains of IgGs c2G4 and c13C6
要素
  • (Ebola surface glycoprotein, ...) x 2
  • (c13C6 variable Fab domain ...) x 2
  • (c2G4 variable Fab domain ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Ebola virus surface glycoprotein / therapeutic antibody cocktail / ZMapp (ZMapp) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Pallesen, J. / Murin, C.D. / de Val, N. / Cottrell, C.A. / Hastie, K.M. / Turner, H.L. / Fusco, M.L. / Flyak, A.I. / Zeitlin, L. / Crowe Jr., J.E. ...Pallesen, J. / Murin, C.D. / de Val, N. / Cottrell, C.A. / Hastie, K.M. / Turner, H.L. / Fusco, M.L. / Flyak, A.I. / Zeitlin, L. / Crowe Jr., J.E. / Andersen, K.G. / Saphire, E.O. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI067927 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI1097 11 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structures of Ebola virus GP and sGP in complex with therapeutic antibodies.
著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G ...著者: Jesper Pallesen / Charles D Murin / Natalia de Val / Christopher A Cottrell / Kathryn M Hastie / Hannah L Turner / Marnie L Fusco / Andrew I Flyak / Larry Zeitlin / James E Crowe / Kristian G Andersen / Erica Ollmann Saphire / Andrew B Ward /
要旨: The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little ...The Ebola virus (EBOV) GP gene encodes two glycoproteins. The major product is a soluble, dimeric glycoprotein (sGP) that is secreted abundantly. Despite the abundance of sGP during infection, little is known regarding its structure or functional role. A minor product, resulting from transcriptional editing, is the transmembrane-anchored, trimeric viral surface glycoprotein (GP). GP mediates attachment to and entry into host cells, and is the intended target of antibody therapeutics. Because large portions of sequence are shared between GP and sGP, it has been hypothesized that sGP may potentially subvert the immune response or may contribute to pathogenicity. In this study, we present cryo-electron microscopy structures of GP and sGP in complex with GP-specific and GP/sGP cross-reactive antibodies undergoing human clinical trials. The structure of the sGP dimer presented here, in complex with both an sGP-specific antibody and a GP/sGP cross-reactive antibody, permits us to unambiguously assign the oligomeric arrangement of sGP and compare its structure and epitope presentation to those of GP. We also provide biophysical evaluation of naturally occurring GP/sGP mutations that fall within the footprints identified by our high-resolution structures. Taken together, our data provide a detailed and more complete picture of the accessible Ebolavirus glycoprotein landscape and a structural basis to evaluate patient and vaccine antibody responses towards differently structured products of the GP gene.
履歴
登録2016年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software / Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Source and taxonomy
カテゴリ: em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8240
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ebola surface glycoprotein, GP1
B: Ebola surface glycoprotein, GP2
H: c2G4 variable Fab domain heavy chain
L: c2G4 variable Fab domain light chain
C: c13C6 variable Fab domain heavy chain
D: c13C6 variable Fab domain light chain
E: Ebola surface glycoprotein, GP1
G: Ebola surface glycoprotein, GP2
P: c2G4 variable Fab domain heavy chain
T: c2G4 variable Fab domain light chain
J: c13C6 variable Fab domain heavy chain
N: c13C6 variable Fab domain light chain
F: Ebola surface glycoprotein, GP1
I: Ebola surface glycoprotein, GP2
Q: c2G4 variable Fab domain heavy chain
U: c2G4 variable Fab domain light chain
M: c13C6 variable Fab domain heavy chain
O: c13C6 variable Fab domain light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,99833
ポリマ－351,32318
非ポリマー8,67515
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area54260 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area104690 Å2

-
要素

-
Ebola surface glycoprotein, ... , 2種, 6分子 AEFBGI

#1: タンパク質 Ebola surface glycoprotein, GP1


分子量: 50974.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76) (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Ebola surface glycoprotein, GP2


分子量: 16137.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q05320

-
抗体 , 4種, 12分子 HPQLTUCJMDNO

#3: 抗体 c2G4 variable Fab domain heavy chain


分子量: 13573.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
#4: 抗体 c2G4 variable Fab domain light chain


分子量: 11641.884 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
#5: 抗体 c13C6 variable Fab domain heavy chain


分子量: 13169.679 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
#6: 抗体 c13C6 variable Fab domain light chain


分子量: 11611.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)

-
糖 , 5種, 15分子

#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ebola virus trimeric surface glycoprotein in complex with IgG c2G4 and c13C6 Fabs
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.54 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分名称: 1xTBS
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 4C
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 57 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2526
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1DoG Picker粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8MODELLERモデルフィッティング
9Rosetta2015.19モデルフィッティング
10Coot0.8.2モデルフィッティング
12Rosetta2015.19モデル精密化
13RELION1.4b1初期オイラー角割当
14RELION1.4b1最終オイラー角割当
15RELION1.4b1分類
16RELION1.4b1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86000 / クラス平均像の数: 6 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: EMRinger
詳細: Model building and refinement were conducted using a combination of software programs. The refinement target was optimizing using the MolProbity score while maintaining a high (good) EMRinger score.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る