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- PDB-5kby: Crystal structure of dipeptidyl peptidase IV in complex with SYR-472 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kby
タイトルCrystal structure of dipeptidyl peptidase IV in complex with SYR-472
要素Dipeptidyl peptidase 4DPP-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / peptidase (プロテアーゼ) / glp-1 (GLP-1) / metabolic disease (代謝異常) / co-complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / aminopeptidase activity / T cell costimulation / serine-type peptidase activity / T細胞 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / virus receptor activity / lamellipodium / protease binding / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / response to hypoxia / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Skene, R.J. / Jennings, A.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Trelagliptin (SYR-472, Zafatek), Novel Once-Weekly Treatment for Type 2 Diabetes, Inhibits Dipeptidyl Peptidase-4 (DPP-4) via a Non-Covalent Mechanism.
著者: Grimshaw, C.E. / Jennings, A. / Kamran, R. / Ueno, H. / Nishigaki, N. / Kosaka, T. / Tani, A. / Sano, H. / Kinugawa, Y. / Koumura, E. / Shi, L. / Takeuchi, K.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,39829
ポリマ－343,1044
非ポリマー7,29425
水28,7701597
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,73416
ポリマ－171,5522
非ポリマー4,18214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area59340 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,66413
ポリマ－171,5522
非ポリマー3,11211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area58290 Å2
手法PISA
3
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子

C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,39829
ポリマ－343,1044
非ポリマー7,29425
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area16620 Å2
ΔGint57 kcal/mol
Surface area116990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.573, 122.165, 143.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / DPP-4 / ADABP / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADCP-2 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T- ...ADABP / Adenosine deaminase complexing protein 2 / ADCP-2 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26 / TP103


分子量: 85775.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP4, ADCP2, CD26 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P27487, DPP-4
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-6RL / 2-[[6-[(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-3-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]methyl]-4-fluoranyl-benzenecarboni trile / SYR-472 / トレラグリプチン / Trelagliptin


分子量: 357.382 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20FN5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22.2% PEG MME 2000, 0.1M Bicine pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 178650 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.009 / Net I/av σ(I): 14.475 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 712558
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.25-2.32.90.541188.8
2.3-2.363.30.523195.8
2.36-2.423.70.478199.1
2.42-2.540.438199.9
2.5-2.584.10.3881100
2.58-2.674.20.3061100
2.67-2.774.20.2471100
2.77-2.94.20.1841100
2.9-3.054.20.141100
3.05-3.244.20.1051100
3.24-3.54.20.0861100
3.5-3.854.10.0721100
3.85-4.44.10.0541100
4.4-5.554.10.0391100
5.55-504.20.031199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G0B

3g0b


解像度: 2.24→34.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 10.877 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 8950 5 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1764 169608 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 144.65 Å2 / Biso mean: 50.867 Å2 / Biso min: 19.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→34.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23764 0 482 1597 25843
Biso mean--65.64 46.22 -
残基数----2900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01925013
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0222439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.95234056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7423.00251455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41152890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00623.9011228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.866153974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.48915120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0228170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026128
LS精密化 シェル解像度: 2.243→2.301 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 520 -
Rwork0.278 9615 -
all-10135 -
obs--75.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71210.1281-0.03540.15160.02920.2967-0.0229-0.0766-0.14440.0125-0.0025-0.0494-0.04850.06880.02540.05150.0151-0.01470.05750.020.093449.463831.999818.7043
20.97310.0704-0.18320.05570.01970.3068-0.044-0.0695-0.1415-0.01430.02880.003-0.0595-0.04140.01520.04630.02110.01290.05420.04240.0895-6.414225.197920.1457
31.16670.382-0.11430.47-0.33520.29140.1107-0.2665-0.0825-0.0027-0.2114-0.1301-0.02580.14320.10070.1217-0.0406-0.01730.11590.07170.068690.5409-29.103847.1054
41.35720.06390.25420.0394-0.03250.24770.0486-0.09820.114-0.0026-0.0097-0.0088-0.0152-0.1498-0.03890.08550.02620.01820.12840.05940.052535.853-28.526133.4098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 766
2X-RAY DIFFRACTION2B36 - 766
3X-RAY DIFFRACTION3C40 - 766
4X-RAY DIFFRACTION4D40 - 766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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