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万見
- PDB-5k3y: Crystal structure of AuroraB/INCENP in complex with BI 811283 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k3y
タイトルCrystal structure of AuroraB/INCENP in complex with BI 811283
要素
  • Aurora kinase B-A
  • Inner centromere protein A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / abscission / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / negative regulation of B cell apoptotic process ...mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / abscission / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / spindle assembly / pericentric heterochromatin / post-translational protein modification / chromosome segregation / 動原体 / spindle / cellular response to UV / 染色体 / midbody / 微小管 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / クロマチン / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / オーロラキナーゼ / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Q4 / Inner centromere protein A / Aurora kinase B-A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Bader, G. / Zahn, S.K. / Zoephel, A.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2016
タイトル: Pharmacological Profile of BI 847325, an Orally Bioavailable, ATP-Competitive Inhibitor of MEK and Aurora Kinases.
著者: Sini, P. / Gurtler, U. / Zahn, S.K. / Baumann, C. / Rudolph, D. / Baumgartinger, R. / Strauss, E. / Haslinger, C. / Tontsch-Grunt, U. / Waizenegger, I.C. / Solca, F. / Bader, G. / Zoephel, A. ...著者: Sini, P. / Gurtler, U. / Zahn, S.K. / Baumann, C. / Rudolph, D. / Baumgartinger, R. / Strauss, E. / Haslinger, C. / Tontsch-Grunt, U. / Waizenegger, I.C. / Solca, F. / Bader, G. / Zoephel, A. / Treu, M. / Reiser, U. / Garin-Chesa, P. / Boehmelt, G. / Kraut, N. / Quant, J. / Adolf, G.R.
履歴
登録2016年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase B-A
B: Aurora kinase B-A
C: Inner centromere protein A
D: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3886
ポリマ－80,2654
非ポリマー1,1232
水11,025612
1
A: Aurora kinase B-A
D: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6943
ポリマ－40,1322
非ポリマー5621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
2
B: Aurora kinase B-A
C: Inner centromere protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6943
ポリマ－40,1322
非ポリマー5621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.907, 67.295, 116.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aurora kinase B-A / Aurora/IPL1-related kinase 2-A / AIRK2-A / XAIRK2-A / Serine/threonine-protein kinase 12-A / ...Aurora/IPL1-related kinase 2-A / AIRK2-A / XAIRK2-A / Serine/threonine-protein kinase 12-A / Serine/threonine-protein kinase aurora-B-A / xAurora-B


分子量: 33104.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: aurkb-a, airk2-a / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ)
参照: UniProt: Q6DE08, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Inner centromere protein A / xIncenp / Mitotic phosphoprotein 130


分子量: 7028.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: incenp-a / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: O13024
#3: 化合物 ChemComp-6Q4 / N-methyl-N-(1-methylpiperidin-4-yl)-4-{[4-({(1R,2S)-2-[(propan-2-yl)carbamoyl]cyclopentyl}amino)-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}benzamide


分子量: 561.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38F3N7O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.0, 2 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.497→44.151 Å / Num. obs: 109777 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 22.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.138 / Rsym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 3.524 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 288940
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.581.80.6071.1192
1.58-1.682.30.5261.2199.6
1.68-1.792.50.3881.4199.7
1.79-1.942.70.3291.1199.5
1.94-2.122.90.2311.8199.2
2.12-2.3730.1832.2198.8
2.37-2.7430.1234.2198.2
2.74-3.353.10.0936.2197.4
3.35-4.7430.0698.2194
4.74-45.6442.90.0628.9181.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.2.5データスケーリング
BUSTER-TNT2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMdata processing
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.6→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.084 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 4543 4.98 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 91285 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 111.55 Å2 / Biso mean: 30.04 Å2 / Biso min: 9.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5397 Å20 Å2-0.1011 Å2
2--0.7613 Å20 Å2
3----0.2216 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5118 0 102 612 5832
Biso mean--28.82 40.28 -
残基数----615
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1976SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes777HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5424HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion645SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6674SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5424HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7331HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.31
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 340 4.96 %
Rwork0.226 6515 -
all-6855 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67710.0862-0.06170.6492-0.25850.91750.0140.1310.0266-0.0538-0.0734-0.0076-0.0297-0.02060.0594-0.08230.0114-0.00610.00240.0065-0.05663.3369-0.101315.4093
20.2736-0.12680.39320.3995-0.32561.3071-0.0671-0.00220.0310.1133-0.0002-0.0467-0.04690.08830.0673-0.03260.0033-0.0067-0.03380.0152-0.037227.334254.632455.8021
31.8595-0.65261.00331.01191.00093.52440.0616-0.0015-0.0830.1492-0.0251-0.01510.11310.031-0.03650.01330.0940.0103-0.08770.014-0.079535.188943.362769.5299
40.12-1.35231.56921.8387-2.15331.71110.00690.0050.0456-0.0478-0.0908-0.0859-0.27310.15090.084-0.09940.0063-0.03510.03830.10590.011915.785714.90178.0885
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A88 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B79 - 248
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C803 - 837
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D805 - 840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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