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- PDB-5jx4: Crystal structure of E36-G37del mutant of the Bacillus caldolytic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jx4
タイトルCrystal structure of E36-G37del mutant of the Bacillus caldolyticus cold shock protein.
要素Cold shock protein CspBCold shock response
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / BcCSP / monomer (モノマー) / mutant (ミュータント (人類)) / cold shock protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Carvajal, A. / Castro-Fernandez, V. / Cabrejos, D. / Fuentealba, M. / Pereira, H.M. / Vallejos, G. / Cabrera, R. / Garratt, R.C. / Komives, E.A. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Babul, J.
資金援助 チリ, 2件
組織認可番号国
FONDECYT1130510 チリ
FONDEQUIPEQM120208 チリ
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Unusual dimerization of a BcCsp mutant leads to reduced conformational dynamics.
著者: Carvajal, A.I. / Vallejos, G. / Komives, E.A. / Castro-Fernandez, V. / Leonardo, D.A. / Garratt, R.C. / Ramirez-Sarmiento, C.A. / Babul, J.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold shock protein CspB
B: Cold shock protein CspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1817
ポリマ－14,7002
非ポリマー4805
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.009, 44.077, 36.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Dimer confirmed by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Cold shock protein CspB / Cold shock response


分子量: 7350.220 Da / 分子数: 2 / 変異: E36del, G37del / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldolyticus (バクテリア)
遺伝子: cspB / プラスミド: pET28b modified / 詳細 (発現宿主): TEV cleavage site / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)C41 / 参照: UniProt: P41016
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, Poly(ethylene glycol) methyl ether 2000 30%, 0.2 M Ammonium Sulfate. Protein 20 mg/mL in 20 mM Sodium phosphate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→18.8 Å / Num. obs: 9547 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 5.86 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / % possible all: 70.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HAX

2hax


解像度: 1.8→18.797 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.6
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1821 462 4.86 %Random selection
Rwork0.15 ---
obs0.1515 9514 95.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 40.26 Å2 / Biso mean: 9.2329 Å2 / Biso min: 0.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→18.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 25 221 1282
Biso mean--22.81 16.21 -
残基数----131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3351471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.958388
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-2.05910.19751570.14482791294889
2.0591-2.59310.18221840.15123052323697
2.5931-18.79810.17151210.15163209333099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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