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- PDB-5jvn: C3-type pyruvate phosphate dikinase: intermediate state of the ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvn
タイトルC3-type pyruvate phosphate dikinase: intermediate state of the central domain in the swiveling mechanism
要素Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplasticピルビン酸
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / phosphotransferase / nucleotide binding (ヌクレオチド) / conformational transition (コンフォメーション変化) / swiveling mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / 光合成 / 葉緑体 / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain ...Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6NQ / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Flaveria pringlei (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Minges, A. / Hoeppner, A. / Groth, G.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural intermediates and directionality of the swiveling motion of Pyruvate Phosphate Dikinase.
著者: Minges, A. / Ciupka, D. / Winkler, C. / Hoppner, A. / Gohlke, H. / Groth, G.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3304
ポリマ－95,5681
非ポリマー7613
水0
1
A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,6608
ポリマ－191,1372
非ポリマー1,5236
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_674x-y+1,-y+2,-z-11
Buried area5110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area69980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)249.430, 249.430, 84.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic / ピルビン酸 / Pyruvate / orthophosphate dikinase


分子量: 95568.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flaveria pringlei (植物) / 遺伝子: PPDK, PDK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42736, pyruvate, phosphate dikinase
#2: 化合物 ChemComp-6NQ / 2'-Bromo-2'-deoxyadenosine 5'-[beta,gamma-imide]triphosphoric acid / 2′-ブロモ-2′-デオキシアデノシン5′-[β,γ-イミド]三りん酸


分子量: 569.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16BrN6O11P3
#3: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17 % (w/v) PEG 4000, 15 % (w/v) glycerol, 85 mM HEPES (pH 7.5), 5 % (v/v) isopropanol, 10 mM phosphoenol pyruvate, 2.5 mM magnesium sulfate, 1 mM 2'-Br-dAppNHp

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976252 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月8日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.54 Å / Num. obs: 34537 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 65.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-3.046.80.5972.71100
9.62-49.545.70.05135.8199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
BUCCANEER1.6.0モデル構築
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JVL

5jvl


解像度: 2.9→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.31
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1695 4.9 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.1996 34536 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 191.03 Å2 / Biso mean: 90.5836 Å2 / Biso min: 48.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20.84 Å20 Å2
2--1.68 Å2-0 Å2
3----5.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 0 42 0 6538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196677
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.979059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.682314488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7885875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86124.396273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8351541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9334.8723500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.934.8713499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0847.3114375
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 113 -
Rwork0.304 2380 -
all-2493 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7121-0.5198-0.66015.49380.19415.26970.1-0.05580.42560.2987-0.1136-0.0721-0.2696-0.00530.01370.1964-0.0489-0.02030.2614-0.0220.11691.457169.417-63.931
24.248-2.451-0.50914.1150.72333.9943-0.2701-0.52430.39480.60270.2856-0.435-0.00360.4628-0.01560.3059-0.0814-0.02350.2322-0.05810.063618.2160.062-58.438
30.92260.64930.258616.09610.55710.7896-0.0150.0703-0.1541-0.1275-0.0076-0.3214-0.01340.14010.02260.30780.03860.05250.21530.01290.043717.524180.783-81.431
44.6878-1.51791.83111.3164-1.67743.8110.2219-0.0966-0.0359-0.5-0.3161-0.52871.05391.75950.09430.97530.40460.03871.2385-0.24110.585642.473193.834-68.184
51.22641.4443-0.09424.16280.8273.15480.0848-0.2888-0.10940.1434-0.1223-0.6606-0.16911.00930.03760.50050.02990.00490.45570.07020.14836.901224.985-65.489
60.21430.2605-0.11432.5898-0.44862.79950.0111-0.09040.02470.1337-0.1501-0.2641-0.17890.42470.13910.3914-0.0043-0.01430.30270.03110.047730.243222.596-54.956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1A875
3X-RAY DIFFRACTION2A108 - 246
4X-RAY DIFFRACTION3A247 - 369
5X-RAY DIFFRACTION4A370 - 522
6X-RAY DIFFRACTION5A523 - 631
7X-RAY DIFFRACTION6A632 - 874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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