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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jun | ||||||
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タイトル | PB2 bound to an azaindole inhibitor | ||||||
要素 | Polymerase basic protein 2 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / flu / polymerase (ポリメラーゼ) / nucleotide binding (ヌクレオチド) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Jacobs, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2017 タイトル: Discovery of Novel, Orally Bioavailable beta-Amino Acid Azaindole Inhibitors of Influenza PB2. 著者: Farmer, L.J. / Clark, M.P. / Boyd, M.J. / Perola, E. / Jones, S.M. / Tsai, A. / Jacobs, M.D. / Bandarage, U.K. / Ledeboer, M.W. / Wang, T. / Deng, H. / Ledford, B. / Gu, W. / Duffy, J.P. / ...著者: Farmer, L.J. / Clark, M.P. / Boyd, M.J. / Perola, E. / Jones, S.M. / Tsai, A. / Jacobs, M.D. / Bandarage, U.K. / Ledeboer, M.W. / Wang, T. / Deng, H. / Ledford, B. / Gu, W. / Duffy, J.P. / Bethiel, R.S. / Shannon, D. / Byrn, R.A. / Leeman, J.R. / Rijnbrand, R. / Bennett, H.B. / O'Brien, C. / Memmott, C. / Nti-Addae, K. / Bennani, Y.L. / Charifson, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jun.cif.gz | 83.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jun.ent.gz | 60.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/5jun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/5jun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19174.324 Da / 分子数: 1 / 断片: Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: artifact 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Beijing/39/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q30NP1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-6NU / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 1 uL protein solution (2.8 mg/mL protein, 50 mM Tris, pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) + 0.4 uL well ...詳細: 1 uL protein solution (2.8 mg/mL protein, 50 mM Tris, pH 8, 200 mM sodium chloride, 2 mM dithiothreitol, 1 mM anthraquinone-2,6-disulfonic acid disodium salt, 7.5 mM GTP) + 0.4 uL well solution (1.5 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, pH 4.7, 10 mM dithiothreitol) suspended over 1 mL of well solution, crystals transferred to a soaking solution (3.25 M sodium formate, 100 mM sodium citrate, pH 4.7) containing 1 mM inhibitor, incubated approximately 15 hours at room temperature, and then transferred to a cryo-preservative solution (soaking solution with 25% v/v glycerol) prior to freezing in liquid nitrogen |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.598→29.64 Å / Num. obs: 6190 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 69.46 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/av σ(I): 14.2 / Net I/σ(I): 23.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4NCE 解像度: 2.69→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.824 / SU Rfree Blow DPI: 0.244 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.249
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原子変位パラメータ | Biso max: 180.75 Å2 / Biso mean: 64.59 Å2 / Biso min: 23.69 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.69→29.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.69→3.01 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -37.9523 Å / Origin y: -0.3006 Å / Origin z: 2.7032 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |