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- PDB-5jud: Crystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jud
タイトルCrystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with uridine-diphosphate (UDP) - GpgS*UDP
要素Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium bovis AF2122/97 (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Sancho-Vaello, E. / Rodrigo-Unzueta, A. / Comino, N. / Carreras-Gonzalez, A. / Arrasate, P. / Urresti, S. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Snapshots and Loop Dynamics along the Catalytic Cycle of Glycosyltransferase GpgS.
著者: Albesa-Jove, D. / Romero-Garcia, J. / Sancho-Vaello, E. / Contreras, F.X. / Rodrigo-Unzueta, A. / Comino, N. / Carreras-Gonzalez, A. / Arrasate, P. / Urresti, S. / Biarnes, X. / Planas, A. / Guerin, M.E.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0882
ポリマ－34,6841
非ポリマー4041
水75742
1
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1754
ポリマ－69,3672
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area21970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.240, 100.240, 125.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase /


分子量: 34683.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium bovis AF2122/97 (結核菌)
遺伝子: gpgS, Mb1240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7U0E1, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14% PEG 8,000, 0.3-0.5 M Li sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50.12 Å / Num. obs: 19277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 66.03 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05358 / Net I/σ(I): 19.98
反射 シェル解像度: 2.59→2.683 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.7833 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y6N

4y6n


解像度: 2.59→50.12 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 23.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2165 1949 5.13 %Random selection
Rwork0.1948 ---
obs0.196 19277 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→50.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2053 0 25 42 2120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.122994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.473805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5904-2.65510.32271320.28412560X-RAY DIFFRACTION99
2.6551-2.72690.27471550.25452564X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.80720.22311290.22712594X-RAY DIFFRACTION99
2.8072-2.89770.28431270.22762554X-RAY DIFFRACTION99
2.8977-3.00130.22821430.21222583X-RAY DIFFRACTION100
3.0013-3.12150.21891280.21032547X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.26350.25731330.21032609X-RAY DIFFRACTION100
3.2635-3.43550.23851520.21542555X-RAY DIFFRACTION100
3.4355-3.65070.18491280.1882616X-RAY DIFFRACTION100
3.6507-3.93250.22161590.18212537X-RAY DIFFRACTION100
3.9325-4.3280.19931240.16942591X-RAY DIFFRACTION100
4.328-4.95380.19351580.15632558X-RAY DIFFRACTION100
4.9538-6.23940.20691350.20672574X-RAY DIFFRACTION100
6.2394-50.12940.21631460.20122571X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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