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- PDB-5iuu: Crystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in Apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iuu
タイトルCrystal Structure of Indole-3-acetaldehyde Dehydrogenase in Apo form
要素Aldehyde dehydrogenase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase (アルデヒドデヒドロゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


発酵 / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / organic substance metabolic process
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (シュードモナス・シリンガエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Lee, S.G. / McClerklin, S. / Kunkel, B. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1157771 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2018
タイトル: Indole-3-acetaldehyde dehydrogenase-dependent auxin synthesis contributes to virulence of Pseudomonas syringae strain DC3000.
著者: McClerklin, S.A. / Lee, S.G. / Harper, C.P. / Nwumeh, R. / Jez, J.M. / Kunkel, B.N.
履歴
登録2016年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family protein
B: Aldehyde dehydrogenase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,5602
ポリマ－105,5602
非ポリマー00
水6,521362
1
A: Aldehyde dehydrogenase family protein
B: Aldehyde dehydrogenase family protein

A: Aldehyde dehydrogenase family protein
B: Aldehyde dehydrogenase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,1194
ポリマ－211,1194
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_597x,-y+4,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)80.889, 109.068, 143.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-674-

HOH

21B-685-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase family protein


分子量: 52779.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (シュードモナス・シリンガエ)
株: DC3000 / 遺伝子: PSPTO_0092 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88BC5
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG8000, 100 mM HEPES, 8% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→40.45 Å / Num. obs: 75921 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 34.9
反射 シェル解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IUV

5iuv


解像度: 2.09→40.445 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 1999 2.64 %
Rwork0.1966 --
obs0.1972 75832 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→40.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6425 0 0 362 6787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8588908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6033922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511025
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0901-2.14230.28551390.25915139X-RAY DIFFRACTION99
2.1423-2.20030.31751420.26545211X-RAY DIFFRACTION100
2.2003-2.2650.36531400.31835191X-RAY DIFFRACTION100
2.265-2.33810.3231410.26955202X-RAY DIFFRACTION100
2.3381-2.42170.26011430.22435266X-RAY DIFFRACTION100
2.4217-2.51860.23681420.21075227X-RAY DIFFRACTION100
2.5186-2.63320.27091420.20175245X-RAY DIFFRACTION100
2.6332-2.7720.23311420.20185258X-RAY DIFFRACTION100
2.772-2.94560.22081420.20685262X-RAY DIFFRACTION100
2.9456-3.1730.22671430.19525269X-RAY DIFFRACTION100
3.173-3.49210.20171430.18635300X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-3.99710.19661430.17495313X-RAY DIFFRACTION100
3.9971-5.03440.18211470.16285386X-RAY DIFFRACTION100
5.0344-40.45210.21551500.19865564X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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