[日本語] English
万見
- PDB-5ihs: Structure of CHU_2103 from Cytophaga hutchinsonii -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihs
タイトルStructure of CHU_2103 from Cytophaga hutchinsonii
要素Endoglucanase, glycoside hydrolase family 5 proteinセルラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Endoglucanase (セルラーゼ) / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase, glycoside hydrolase family 5 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Silvaggi, N.R. / Han, L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1021721 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1516990 米国
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Periplasmic Cytophaga hutchinsonii Endoglucanases Are Required for Use of Crystalline Cellulose as the Sole Source of Carbon and Energy.
著者: Zhu, Y. / Han, L. / Hefferon, K.L. / Silvaggi, N.R. / Wilson, D.B. / McBride, M.J.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase, glycoside hydrolase family 5 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9331
ポリマ－38,9331
非ポリマー00
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.510, 70.210, 46.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer according to gel filtration

-
要素

#1: タンパク質 Endoglucanase, glycoside hydrolase family 5 protein / セルラーゼ


分子量: 38933.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (strain ATCC 33406 / NCIMB 9469) (バクテリア)
株: ATCC 33406 / NCIMB 9469 / 遺伝子: cel, CHU_2103 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: Q11T98, セルラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: crystals were obtained by the hanging drop vapor diffusion method from 30% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 (PEG MME 2000), 0.15 M KBr with microseeds
PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. obs: 106696 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2148: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pzt

3pzt


解像度: 1.1→26.681 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1316 5135 4.81 %Random selection
Rwork0.1174 ---
obs0.1181 106670 98.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→26.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2441 0 0 397 2838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.993494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.49940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0991-1.11160.19311620.17672929X-RAY DIFFRACTION86
1.1116-1.12460.19281860.15963270X-RAY DIFFRACTION97
1.1246-1.13840.17931780.1483358X-RAY DIFFRACTION98
1.1384-1.15280.16241970.13383291X-RAY DIFFRACTION98
1.1528-1.16790.13772010.12663367X-RAY DIFFRACTION99
1.1679-1.18390.14541610.12093355X-RAY DIFFRACTION99
1.1839-1.20080.15371790.11893389X-RAY DIFFRACTION99
1.2008-1.21880.13281700.1163370X-RAY DIFFRACTION99
1.2188-1.23780.14321740.11473380X-RAY DIFFRACTION99
1.2378-1.25810.12161520.10433429X-RAY DIFFRACTION99
1.2581-1.27980.12511550.10153365X-RAY DIFFRACTION99
1.2798-1.30310.12961670.09943444X-RAY DIFFRACTION100
1.3031-1.32810.1111740.09923367X-RAY DIFFRACTION100
1.3281-1.35520.12941620.10133412X-RAY DIFFRACTION100
1.3552-1.38470.1111630.10113423X-RAY DIFFRACTION100
1.3847-1.41690.12591490.10133443X-RAY DIFFRACTION100
1.4169-1.45230.14511690.10153431X-RAY DIFFRACTION100
1.4523-1.49160.12581780.09963378X-RAY DIFFRACTION100
1.4916-1.53550.12061650.0963428X-RAY DIFFRACTION100
1.5355-1.58510.10851270.09883439X-RAY DIFFRACTION100
1.5851-1.64170.1221510.10383446X-RAY DIFFRACTION100
1.6417-1.70740.11792060.10533407X-RAY DIFFRACTION100
1.7074-1.78510.12792160.11063389X-RAY DIFFRACTION100
1.7851-1.87920.13021950.11143402X-RAY DIFFRACTION100
1.8792-1.99690.12771630.11323414X-RAY DIFFRACTION100
1.9969-2.1510.1181540.10833430X-RAY DIFFRACTION100
2.151-2.36740.13181760.11333433X-RAY DIFFRACTION100
2.3674-2.70970.12561380.12733481X-RAY DIFFRACTION100
2.7097-3.41280.14231510.13393465X-RAY DIFFRACTION100
3.4128-26.68870.13182160.13123400X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る