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- PDB-5id6: Structure of Cpf1/RNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id6
タイトルStructure of Cpf1/RNA Complex
要素
  • Cpf1Cas12a
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*GP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*C)-3')
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Cpf1
類似検索 - 構成要素
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.382 Å
データ登録者Dong, D. / Ren, K. / Qiu, X. / Wang, J. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of Cpf1 in complex with CRISPR RNA
著者: Dong, D. / Ren, K. / Qiu, X. / Zheng, J. / Guo, M. / Guan, X. / Liu, H. / Li, N. / Zhang, B. / Yang, D. / Ma, C. / Wang, S. / Wu, D. / Ma, Y. / Fan, S. / Wang, J. / Gao, N. / Huang, Z.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22016年5月11日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cpf1
G: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*GP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,8414
ポリマ－150,7932
非ポリマー492
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area59820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.352, 83.011, 124.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cpf1 / Cas12a


分子量: 144132.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A182DWE3*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*AP*GP*UP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*C)-3')


分子量: 6659.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M Magnesium acetate, 18%(w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: CCD pilatus CBF / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→41.51 Å / Num. obs: 64262 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 20.67
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.382→41.506 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 3272 5.09 %
Rwork0.2023 --
obs0.2052 64262 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.382→41.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9949 443 2 6 10400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38814422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3014098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1061551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3823-2.41790.34671330.30372554X-RAY DIFFRACTION95
2.4179-2.45570.34861360.29062655X-RAY DIFFRACTION98
2.4557-2.49590.34261280.29662602X-RAY DIFFRACTION97
2.4959-2.53890.32841500.2732617X-RAY DIFFRACTION97
2.5389-2.58510.34451430.2762601X-RAY DIFFRACTION96
2.5851-2.63480.27231360.2572619X-RAY DIFFRACTION98
2.6348-2.68860.29571620.25352655X-RAY DIFFRACTION98
2.6886-2.7470.30791440.25172643X-RAY DIFFRACTION98
2.747-2.81090.29051230.23422671X-RAY DIFFRACTION98
2.8109-2.88120.3321490.2482645X-RAY DIFFRACTION99
2.8812-2.95910.29881360.24512654X-RAY DIFFRACTION98
2.9591-3.04610.29681200.23442651X-RAY DIFFRACTION98
3.0461-3.14440.31491560.23062577X-RAY DIFFRACTION96
3.1444-3.25680.30721430.23032640X-RAY DIFFRACTION98
3.2568-3.38710.27651590.22382673X-RAY DIFFRACTION99
3.3871-3.54120.2811580.21152645X-RAY DIFFRACTION99
3.5412-3.72780.27211350.21142714X-RAY DIFFRACTION99
3.7278-3.96120.26281530.18992666X-RAY DIFFRACTION99
3.9612-4.26670.23271490.18012613X-RAY DIFFRACTION96
4.2667-4.69560.2151390.16332721X-RAY DIFFRACTION99
4.6956-5.37380.23491380.16852692X-RAY DIFFRACTION99
5.3738-6.76560.23441420.19762717X-RAY DIFFRACTION98
6.7656-41.51180.21551400.16612765X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.0357 Å / Origin y: 0.6252 Å / Origin z: 26.7772 Å
111213212223313233
T0.4407 Å2-0.0551 Å20.0099 Å2-0.4454 Å2-0.0727 Å2--0.3955 Å2
L0.7168 °2-0.2261 °2-0.6608 °2-0.821 °20.4031 °2--2.113 °2
S-0.0772 Å °-0.3169 Å °-0.0778 Å °0.1007 Å °0.2385 Å °-0.101 Å °0.2242 Å °0.4145 Å °-0.1414 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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