PDB-5hyz: Crystal Structure of SCL7 in Oryza sativa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hyz

タイトル

Crystal Structure of SCL7 in Oryza sativa

要素

GRAS family transcription factor containing protein, expressed

キーワード

TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / Rossmann fold helix bundle

機能・相同性

Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription /

細胞核 / SCARECROW-LIKE protein 7

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa Japonica Group (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.822 Å

データ登録者

Wu, Y. / Li, S. / Zhao, Y. / Sun, L.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the GRAS Domain of SCARECROW-LIKE7 in Oryza sativa.
著者: Li, S. / Zhao, Y. / Zhao, Z. / Wu, X. / Sun, L. / Liu, Q. / Wu, Y.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hyz.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hyz.ent.gz	70.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/5hyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2olc-d 2pun-d 6in9-d 2c8j-d 2pul-d 2pui-d 2pup-d 2pu8-d 3hvd-9 1f06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GRAS family transcription factor containing protein, expressed

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GRAS family transcription factor containing protein, expressed

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.188, 179.054, 59.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-851- HOH
2	1	A-921- HOH
3	1	A-961- HOH
4	1	A-962- HOH

#1: タンパク質	GRAS family transcription factor containing protein, expressed / GRAS family transcription factor / putative / Os03g0723000 protein / cDNA clone:001-125-A04 / full ...GRAS family transcription factor / putative / Os03g0723000 protein / cDNA clone:001-125-A04 / full insert sequence / cDNA clone:J033051K20 / cDNA clone:J033110P03 分子量: 41530.418 Da / 分子数: 1 / 断片: GRAS domain, UNP residues 204-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os03g0723000, LOC_Os03g51330, OSNPB_030723000 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53K16
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

GRAS family transcription factor containing protein, expressed / GRAS family transcription factor / putative / Os03g0723000 protein / cDNA clone:001-125-A04 / full ...

分子量: 41530.418 Da / 分子数: 1 / 断片: GRAS domain, UNP residues 204-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os03g0723000, LOC_Os03g51330, OSNPB_030723000 / プラスミド: pET32a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53K16

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 43031 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.087 / Χ²: 3.211 / Net I/av σ(I): 56.967 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 465093

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.82-1.85	11	0.394	1	100
1.85-1.89	11.1	0.345	1	100
1.89-1.92	11	0.284	1	100
1.92-1.96	11.1	0.246	1	100
1.96-2	11.1	0.197	1	100
2-2.05	11.1	0.178	1	100
2.05-2.1	11.1	0.154	1	100
2.1-2.16	11.1	0.132	1	100
2.16-2.22	11.1	0.12	1	100
2.22-2.29	11	0.109	1	100
2.29-2.37	11.1	0.097	1	100
2.37-2.47	11.1	0.092	1	100
2.47-2.58	11	0.087	1	100
2.58-2.72	11	0.081	1	100
2.72-2.89	11	0.077	1	100
2.89-3.11	10.8	0.077	1	100
3.11-3.43	10.2	0.073	1	100
3.43-3.92	9.6	0.067	1	100
3.92-4.94	9.9	0.062	1	100
4.94-50	9.8	0.067	1	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.822→33.181 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	1989	4.65 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1823	42785	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.822→33.181 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2817	0	0	362	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.729	3919
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.739	1052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	508

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8221-1.8676	0.2711	135	0.2151	2759	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8676-1.9181	0.2352	141	0.2011	2850	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9181-1.9746	0.2513	140	0.1876	2884	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9746-2.0383	0.2405	139	0.1869	2874	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0383-2.1111	0.2655	141	0.1851	2892	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1111-2.1956	0.245	141	0.1803	2901	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1956-2.2955	0.2312	141	0.1888	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2955-2.4165	0.2023	143	0.1791	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4165-2.5679	0.2222	143	0.187	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5679-2.7661	0.2036	141	0.1919	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7661-3.0442	0.2549	144	0.2053	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0442-3.4843	0.2084	145	0.1888	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4843-4.3883	0.1695	145	0.153	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3883-33.1869	0.1778	150	0.1697	3073	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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