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万見
- PDB-5hna: Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hna
タイトルCrystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase complexed with BPH-1251
要素Farnesyl pyrophosphate synthase, putativeジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-63D / Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.693 Å
データ登録者Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Oldfield, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA158191 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase.
著者: G Ricci, C. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Zhu, W. / Oldfield, E. / McCammon, J.A.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,1938
ポリマ－175,1374
非ポリマー2,0564
水2,324129
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5964
ポリマ－87,5682
非ポリマー1,0282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5964
ポリマ－87,5682
非ポリマー1,0282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area27120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.447, 108.616, 140.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Farnesyl pyrophosphate synthase, putative / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ


分子量: 43784.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_092040 / プラスミド: P15-TEV-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K4U6
#2: 化合物
ChemComp-63D / 4-chloro-2-{[3-(decyloxy)-5-hydroxybenzyl]oxy}-5-sulfamoylbenzoic acid


分子量: 514.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32ClNO7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100MM TRIS, 200MM LITHIUM SULFATE, 22% PEG 3,350, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.693→50 Å / Num. obs: 46114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 11.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LDW

3ldw


解像度: 2.693→39.961 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 26.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 2322 5.09 %
Rwork0.1921 --
obs0.1959 45617 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 98.03 Å2 / Biso mean: 40.3228 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.693→39.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11304 0 136 129 11569
Biso mean--59.57 38.87 -
残基数----1408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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