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- PDB-5hap: OXA-48 beta-lactamase - S70A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hap
タイトルOXA-48 beta-lactamase - S70A mutant
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / serine beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Stojanoski, V. / Adamski, C.J. / Hu, L. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI32956 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI55449 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Removal of the Side Chain at the Active-Site Serine by a Glycine Substitution Increases the Stability of a Wide Range of Serine beta-Lactamases by Relieving Steric Strain.
著者: Stojanoski, V. / Adamski, C.J. / Hu, L. / Mehta, S.C. / Sankaran, B. / Zwart, P. / Prasad, B.V. / Palzkill, T.
履歴
登録2015年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,93522
ポリマ－55,9052
非ポリマー2,03020
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.900, 121.900, 161.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ


分子量: 27952.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-265 / 変異: S70A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6XEC0, Β-ラクタマーゼ

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非ポリマー , 9種, 297分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5 and 25% w/v PEG 1000 / PH範囲: 8.3 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→57.1 Å / Num. obs: 76678 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.5 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 1.89→57.022 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 2847 4.95 %Random selection
Rwork0.1906 ---
obs0.1923 76678 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→57.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 132 277 4355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8475622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3142476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.91150.35341990.31753404X-RAY DIFFRACTION100
1.9115-1.9340.36221760.33023386X-RAY DIFFRACTION100
1.934-1.95750.30032010.28613343X-RAY DIFFRACTION100
1.9575-1.98230.31091800.26433444X-RAY DIFFRACTION100
1.9823-2.00840.27162170.2583335X-RAY DIFFRACTION100
2.0084-2.03590.2782100.23953378X-RAY DIFFRACTION100
2.0359-2.0650.27241530.24443453X-RAY DIFFRACTION100
2.065-2.09580.28081940.2613371X-RAY DIFFRACTION100
2.0958-2.12860.27631730.22623413X-RAY DIFFRACTION100
2.1286-2.16350.29431560.2183390X-RAY DIFFRACTION100
2.1635-2.20080.22121890.21413414X-RAY DIFFRACTION100
2.2008-2.24080.2742010.20943380X-RAY DIFFRACTION100
2.2408-2.28390.29151700.25323398X-RAY DIFFRACTION100
2.2839-2.33050.27131740.20893406X-RAY DIFFRACTION100
2.3305-2.38120.25361770.19643416X-RAY DIFFRACTION100
2.3812-2.43660.21741560.18643438X-RAY DIFFRACTION100
2.4366-2.49750.22891550.18623423X-RAY DIFFRACTION100
2.4975-2.56510.26141680.18083374X-RAY DIFFRACTION100
2.5651-2.64050.20071660.19143415X-RAY DIFFRACTION100
2.6405-2.72580.24461630.18733433X-RAY DIFFRACTION100
2.7258-2.82320.21382080.18063367X-RAY DIFFRACTION100
2.8232-2.93620.2711340.18693469X-RAY DIFFRACTION100
2.9362-3.06990.22791650.19363397X-RAY DIFFRACTION100
3.0699-3.23170.24051750.1873409X-RAY DIFFRACTION100
3.2317-3.43410.20081850.18163404X-RAY DIFFRACTION100
3.4341-3.69920.21171880.17253395X-RAY DIFFRACTION100
3.6992-4.07140.20181470.15533430X-RAY DIFFRACTION100
4.0714-4.66030.16481880.14043397X-RAY DIFFRACTION100
4.6603-5.87060.17571790.15293399X-RAY DIFFRACTION100
5.8706-57.04790.14251720.15833413X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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