PDB-5gzg: Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gzg

タイトル

Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain

要素

Galectin-8

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-8 N-terminal domain carbohydrate recognition domain

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell migration /

xenophagy / cellular response to virus /

integrin binding / cytoplasmic vesicle /

carbohydrate binding /

extracellular space /

生体膜 /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Su, J.Y. / Si, Y.L.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2016
タイトル: Crystallization of Galectin-8 Linker Reveals Intricate Relationship between the N-terminal Tail and the Linker.
著者: Si, Y. / Wang, Y. / Gao, J. / Song, C. / Feng, S. / Zhou, Y. / Tai, G. / Su, J.

履歴

登録	2016年9月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gzg.cif.gz	48.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gzg.ent.gz	31.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gzcC 5gzdC 5gzeC 5gzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ap6-4 2obi-d 5gzd-d 5gze-d 2mu1-d 1xiz-1 3odi-1 2wgr-d 3ap4-1 4bme-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-8

ヘテロ分子

21.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.127, 49.127, 159.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-379- HOH

#1: タンパク質

Galectin-8 /

/ Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1

分子量: 21205.297 Da / 分子数: 1
断片: carbohydrate recognition domain (UNP RESIDUES 1-186)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 栄養素

栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#4: 化合物

ChemComp-NI / NICKEL (II) ION /

ニッケル

分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 0.01M NiCl2,20% (W/V) PEG2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.997→20 Å / Num. obs: 14014 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 14.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.997→19.47 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	1394	9.99 %
R_work	0.2027	-	-
obs	0.2081	13950	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.18 Å² / B_iso mean: 41.7115 Å² / B_iso min: 27.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.997→19.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1182	0	25	81	1288
B_iso mean	-	-	49.21	43.21	-
残基数	-	-	-	-	149

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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