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- PDB-5goi: Lys48-linked di-ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5goi
タイトルLys48-linked di-ubiquitin
要素
  • D-ubiquitin
  • Ubiquitinユビキチン
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / polyubiquitin chains / quasi-racemic crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Peptide chain elongation ...hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / mitochondrion transport along microtubule / fat pad development / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / regulation of proteasomal protein catabolic process / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Translesion synthesis by REV1 / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / Translesion synthesis by POLK / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / cytosolic ribosome / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / neuron projection morphogenesis / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / regulation of mitochondrial membrane potential / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / positive regulation of protein ubiquitination / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Regulation of NF-kappa B signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Polyubiquitin-B / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.594 Å
データ登録者Gao, S. / Pan, M. / Zheng, Y. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2013CB932800 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Monomer/Oligomer Quasi-Racemic Protein Crystallography
著者: Gao, S. / Pan, M. / Zheng, Y. / Huang, Y. / Zheng, Q. / Sun, D. / Lu, L. / Tan, X. / Tan, X. / Lan, H. / Wang, J. / Wang, T. / Wang, J. / Liu, L.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22022年2月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin
C: D-ubiquitin
D: D-ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2574
ポリマ－34,2574
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1542
ポリマ－17,1542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: D-ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5521
ポリマ－8,5521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: D-ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5521
ポリマ－8,5521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.010, 40.800, 52.160
Angle α, β, γ (deg.)98.45, 100.90, 105.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CG47
#2: タンパク質 D-ubiquitin


分子量: 8551.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium citrate tribasic dehydrate PH5.6, 20% 2-Propanol, 20%PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.594→38.351 Å / Num. obs: 23441 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 1.69 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.59→1.64 Å / 冗長度: 1.62 % / Rmerge(I) obs: 1.086

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.10.1_2155: ???) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UBQ

1ubq


解像度: 1.594→38.351 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3106 1134 4.84 %
Rwork0.2642 --
obs0.2665 23422 82.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.594→38.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2404 0 0 221 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7833271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2791245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5935-1.66610.3693780.34441379X-RAY DIFFRACTION41
1.6661-1.75390.3553930.35191990X-RAY DIFFRACTION58
1.7539-1.86380.37271610.32273143X-RAY DIFFRACTION92
1.8638-2.00770.34561540.31073168X-RAY DIFFRACTION95
2.0077-2.20970.33061710.2813179X-RAY DIFFRACTION94
2.2097-2.52940.33691580.27243196X-RAY DIFFRACTION94
2.5294-3.18650.32931730.26323141X-RAY DIFFRACTION93
3.1865-38.36220.25521460.2213092X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0719-0.02240.08890.0079-0.02820.11320.1243-0.03990.1131-0.01310.056-0.0048-0.07740.00130.08230.2981-0.05090.12540.1714-0.05670.2282-11.2697.852421.0567
20.0008-0.0035-0.00570.0210.03520.07520.1124-0.0231-0.00710.0640.0035-0.1359-0.0310.01840.01430.2026-0.03280.01510.2290.00250.2209-0.15249.545822.5753
30.0181-0.0061-0.01630.01990.0060.0039-0.0066-0.0480.0561-0.0325-0.108-0.05440.1017-0.0324-00.19880.03460.04510.22630.03650.1545-0.21142.837615.8387
40.02890.02970.00480.0284-0.00950.01850.0590.04180.0273-0.0215-0.05850.0612-0.08170.0517-0.01770.34220.04380.09260.17640.03860.1865-6.38819.54713.3365
50.03330.0447-0.01720.0668-0.01520.0155-0.01470.02790.0296-0.04480.0050.0203-0.0084-0.0382-0.00040.10710.00620.03880.23930.03440.23942.4556-9.803120.605
60.04670.0309-0.0910.0191-0.05920.21770.0566-0.0214-0.00780.0110.1603-0.15390.0319-0.13970.02420.2772-0.0096-0.02570.16740.01340.230317.7447-5.24993.7904
70.00390.0099-0.0020.0302-0.00590.0009-0.0039-0.0134-0.0241-0.0023-0.00620.03040.0075-0.0314-0.01040.05820.1220.0040.32890.08260.19943.2887-4.61646.6317
80.01190.00790.01410.03270.02950.0271-0.03010.12870.0528-0.0347-0.00320.00450.0071-0.039-0.03970.17380.0095-0.08150.1648-0.02880.202311.2687-14.67741.294
90.0885-0.0161-0.02740.03930.02540.0208-0.0142-0.0306-0.05920.0662-0.02590.01590.01070.0407-0.06730.1161-0.0603-0.05830.22860.02760.17529.0223-12.822113.7959
100.0103-0.0030.00490.00360.00120.0120.019-0.0258-0.03430.00290.03350.0147-0.0352-0.0153-0.00210.0352-0.0533-0.05120.24040.04980.17979.4874-2.692513.4164
110.0939-0.01730.06290.0158-0.03380.1002-0.07250.02940.00590.0045-0.03420.0230.0172-0.0683-0.07970.1827-0.01020.00010.1817-0.02640.158516.9601-18.74256.2328
120.18190.120.06210.14930.01890.0508-0.00520.0726-0.1542-0.05860.0765-0.2171-0.0768-0.05220.07960.31050.22680.2626-0.1547-0.2854-0.1285-11.397311.4625-6.5215
130.17380.035-0.00890.048-0.00920.0146-0.02110.0837-0.11370.04220.0933-0.02450.0882-0.08870.01530.2163-0.00510.02610.1203-0.01910.1622.5128-5.8367-18.1573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 34 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 35 through 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 71 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 72 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 16 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 17 through 22 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 23 through 44 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 45 through 56 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 57 through 65 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 66 through 76 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 10 through 76 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 10 through 76 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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