PDB-5ghm: Crystal structure of human MTH1(G2K/D120N mutant) in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ghm

タイトル

Crystal structure of human MTH1(G2K/D120N mutant) in complex with 8-oxo-dGTP at pH 7.0

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH /

DNA DAMAGE (DNA修復) /

DNA REPAIR (DNA修復) /

DNA REPLICATION (DNA複製)

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity /

2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity /

ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nakamura, T. / Waz, S. / Hirata, K. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural and Kinetic Studies of the Human Nudix Hydrolase MTH1 Reveal the Mechanism for Its Broad Substrate Specificity
著者: Waz, S. / Nakamura, T. / Hirata, K. / Koga-Ogawa, Y. / Chirifu, M. / Arimori, T. / Tamada, T. / Ikemizu, S. / Nakabeppu, Y. / Yamagata, Y.

履歴

登録	2016年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2018年11月7日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ghm.cif.gz	163.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ghm.ent.gz	129.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ghm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/5ghm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/5ghm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ghiC 5ghjC 5ghnC 5ghoC 5ghpC 5ghqC 5ws7C 6iliC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ili-2 5ghj-1 5ghn-1 5hzx-1 6ehh-4 5ghj-2 5fso-d 5ghn-2 5ws7-2 6eq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.790, 47.778, 123.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked ...MutT homologue-1 / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18042.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-197 / 変異: G2K, D120N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-8DG / 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 8-オキソdGTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium citrate, Tris, NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 44359 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 47.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.5→37.8 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	2238	5.05 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1741	44286	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2542	0	65	382	2989

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2976
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	4085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.68	1134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4978-1.5304	0.2624	130	0.2017	2523	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5304-1.566	0.2372	148	0.1934	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.566-1.6052	0.2198	133	0.191	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6052-1.6486	0.2322	155	0.1884	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6486-1.6971	0.2374	138	0.1948	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6971-1.7518	0.2316	145	0.1901	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7518-1.8145	0.2399	132	0.1895	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8145-1.8871	0.2109	136	0.1843	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8871-1.973	0.1878	149	0.1729	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.973-2.077	0.2156	139	0.1736	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.077-2.2071	0.2005	145	0.1754	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2071-2.3775	0.212	138	0.1742	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3775-2.6167	0.1978	136	0.1826	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6167-2.9952	0.2238	152	0.1859	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9952-3.7731	0.1517	129	0.1463	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7731-37.8122	0.1572	133	0.1593	2793	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7274	-2.4622	0.9042	4.5445	-0.6351	1.0348	0.0724	0.0884	0.0279	0.0492	-0.2447	0.0449	-0.0362	0.0424	0.1336	0.13	-0.0193	0.0156	0.0901	0.0063	0.0687	2.9399	-3.8045	-15.6076
2	4.1161	0.3307	-0.2576	4.7859	0.388	5.1885	-0.2179	-0.0858	0.465	0.0947	0.2284	0.3962	-0.4852	-0.5244	0.0932	0.1305	0.0035	0.013	0.0952	0.031	0.1322	-5.9925	-18.3945	-16.4305
3	4.7055	-0.4422	-0.1821	2.015	0.4885	1.6485	0.1417	-0.2936	0.3593	0.9655	-0.0929	-0.1658	-0.0627	-0.115	0.0162	0.2744	-0.0347	-0.0094	0.0757	-0.0251	0.1278	1.8422	-4.6006	-6.9123
4	4.0965	2.9786	-2.318	3.542	-1.3858	4.8958	0.1169	-0.1822	0.0341	0.7834	-0.1206	0.4154	-0.6896	-0.1138	-0.0822	0.2743	-0.0001	0.0261	0.1124	0.0363	0.1759	1.0945	-10.9864	-5.0438
5	1.7154	-0.4229	0.3769	3.836	-2.206	2.201	0.1088	-0.1014	-0.0679	0.1836	-0.205	-0.1478	0.0446	0.0333	0.1232	0.1313	-0.0265	-0.008	0.095	-0.0038	0.0884	4.4466	-8.5039	-15.284
6	2.1713	-1.6425	-2.1496	7.0272	0.1322	3.4516	0.438	-0.7682	0.2226	0.18	-0.0822	0.2724	-0.2991	0.1062	-0.1351	0.247	-0.0138	0.0525	0.197	-0.012	0.1324	-4.7923	-20.3448	-5.9026
7	2.228	-1.5649	0.0395	6.056	0.4571	1.9266	-0.0339	-0.0212	0.0929	-0.034	0.0371	0.1237	-0.096	-0.2469	-0.028	0.0746	0.0105	0.0053	0.075	0.0105	0.0897	-5.4091	-21.5358	-19.5606
8	3.9966	-2.9929	1.5894	4.5307	-1.6817	2.8307	-0.0869	-0.0727	-0.0402	0.2436	0.0236	-0.0302	0.1803	0.059	0.0704	0.1275	-0.0065	0.0284	0.061	-0.01	0.0601	5.6316	-10.4065	-26.2446
9	4.6102	-0.0631	-2.3368	0.9995	0.2609	2.0748	-0.1298	0.3026	0.0625	-0.0099	0.0565	0.1368	0.0945	-0.2583	0.0581	0.0678	-0.0207	-0.0047	0.0902	0.001	0.083	13.6088	7.963	-14.7453
10	2.6991	-2.3738	-2.2754	5.9928	1.1078	4.9189	0.1655	-0.0328	-0.026	-0.1645	-0.1751	-0.0592	-0.1375	-0.0487	-0.0257	0.0371	-0.0202	0.0066	0.1153	0.0269	0.114	32.432	13.9577	-15.587
11	5.714	-0.876	1.2762	2.8797	-0.051	1.1334	0.3024	0.6126	0.4811	-0.1074	0.0102	0.2629	-0.4498	-1.0577	-0.2308	0.2036	0.0717	0.0567	0.3484	0.0635	0.1895	21.6793	22.0414	-14.2344
12	5.881	1.1772	0.1529	3.5992	0.6782	0.3005	-0.3638	1.3596	0.3669	-0.7201	0.3556	0.0627	0.3874	-0.6148	0.0541	0.2043	-0.1419	-0.0025	0.3907	0.0035	0.1122	18.9992	9.4553	-25.6882
13	1.6617	1.3439	-2.001	1.6247	-1.2683	3.7997	-0.3818	0.1878	-0.1993	-0.2825	0.1685	-0.1785	0.2682	0.0498	0.2079	0.1215	-0.0271	0.0008	0.1637	-0.0214	0.1204	20.9614	5.7404	-16.5172
14	7.2808	-3.8365	-2.5998	4.3206	1.3273	2.9219	-0.1071	0.0085	-0.0443	-0.1399	0.1708	0.004	-0.0647	-0.0068	-0.0278	0.0753	-0.0121	-0.0064	0.0972	-0.0053	0.0766	15.1756	8.4058	-13.6429
15	7.0307	-1.6005	-1.5743	5.3016	-0.4322	3.5176	-0.319	0.2758	-0.1832	-0.1691	0.6168	0.0616	-0.0323	-1.0334	0.0015	0.1822	0.0614	-0.003	0.3132	0.0632	0.0838	30.619	15.8711	-25.2435
16	5.6002	-1.275	-0.4477	2.4245	-0.0177	3.9675	0.1705	-0.0142	0.1212	-0.0247	-0.1689	0.0023	-0.2584	-0.0156	0.0138	0.0841	-0.0155	0.0078	0.0765	0.008	0.1048	31.1102	17.3782	-11.3256
17	4.9545	-1.255	-1.2332	4.2375	0.5434	2.7637	0.0546	0.0624	0.1468	0.0016	-0.0471	-0.2537	-0.2512	0.2203	-0.0032	0.0975	-0.0174	-0.0089	0.1101	0.0351	0.0742	20.9522	8.128	-5.2579
18	6.303	-3.6598	-2.3881	6.4023	3.3404	7.2489	-0.1214	0.219	-0.5874	-0.1201	-0.1072	0.439	0.3753	0.0479	0.226	0.1099	0.0106	0.0036	0.11	0.0346	0.1003	17.6531	2.0835	-3.0818

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 44 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 57 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 88 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 89 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 101 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 118 through 156 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 12 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 13 through 23 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 24 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 35 through 57 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 58 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 75 through 88 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 89 through 100 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 101 through 117 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 118 through 143 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 144 through 156 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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