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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g4e | ||||||
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タイトル | S. enterica HisA mutant D10G, Dup13-15, Q24L, G102A, V106L | ||||||
要素 | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / HISA / PROTEIN EVOLUTION (分子進化) / IAD MODEL / TRPF (利潤率の傾向的低下の法則) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Soderholm, A. / Guo, X. / Newton, M. / Nasvall, J. / Duarte, F. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. 著者: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g4e.cif.gz | 94.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g4e.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ab3C 5ac7C 5ac8C 5g1tSC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4wC 5g5iC 5l6uC 5l9fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 27442.430 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100 プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A630AQ07, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase |
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-非ポリマー , 5種, 35分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.2 詳細: 0.18 M AMMONIUM ACETATE, 0.09 M SODIUM ACETATE, PH 5.15, 27% W/V PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 19821 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 80.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5G1T 解像度: 2.65→45.097 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.7 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 138-141 IN CHAIN A WERE MODELED AS ALA DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY FOR SIDE CHAINS. THE REGISTER OF THIS REGION IS AMBIGUOUS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.097 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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