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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g1w | |||||||||
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タイトル | Apo Structure of Linalool Dehydratase-Isomerase | |||||||||
要素 | LINALOOL DEHYDRATASE/ISOMERASE | |||||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / HYDRATASE (水和反応) / ISOMERASE (異性化酵素) / TERPENE (テルペン) / ALKENE (アルケン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / cellular response to organic substance / protein tetramerization / ペリプラズム 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | CASTELLANIELLA DEFRAGRANS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Chambers, S. / Hau, A. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structural and functional insights into asymmetric enzymatic dehydration of alkenols. 著者: Nestl, B.M. / Geinitz, C. / Popa, S. / Rizek, S. / Haselbeck, R.J. / Stephen, R. / Noble, M.A. / Fischer, M.P. / Ralph, E.C. / Hau, H.T. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / van Dien, S. ...著者: Nestl, B.M. / Geinitz, C. / Popa, S. / Rizek, S. / Haselbeck, R.J. / Stephen, R. / Noble, M.A. / Fischer, M.P. / Ralph, E.C. / Hau, H.T. / Man, H. / Omar, M. / Turkenburg, J.P. / van Dien, S. / Culler, S.J. / Grogan, G. / Hauer, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g1w.cif.gz | 404.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g1w.ent.gz | 331.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g1w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/5g1w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41993.715 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CASTELLANIELLA DEFRAGRANS (バクテリア) 株: 65PHEN / プラスミド: PET-YSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase, geraniol isomerase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE BUFFER PH 6.5 WITH 25% (W/V) PEG 3350, 10% (W/V) METHYLPENTANE DIOL AND 0.1 M SODIUM MALONATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 |
検出器 | 日付: 2015年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→47.97 Å / Num. obs: 218882 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SEMET STRUCTURE 解像度: 1.76→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.242 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→47.97 Å
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拘束条件 |
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