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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fmf | ||||||
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タイトル | the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / PRE-INITIATION COMPLEX / RNA POLYMERASE / TFIIE / TFIIH / TFIIB / TBP / TFIIF / PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / regulation of mRNA 3'-end processing / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / regulation of mRNA 3'-end processing / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of mitotic recombination / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIE complex / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / RPB4-RPB7 complex / DNA 5'-3' helicase / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / DNA 3'-5' helicase / transcription preinitiation complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / DNA binding, bending / RNA Polymerase I Transcription Initiation / DNA duplex unwinding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / protein phosphatase activator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / ATPase activator activity / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / DNA helicase activity / isomerase activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||
データ登録者 | Murakami, K. / Tsai, K. / Kalisman, N. / Bushnell, D.A. / Asturias, F.J. / Kornberg, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015 タイトル: Structure of an RNA polymerase II preinitiation complex. 著者: Kenji Murakami / Kuang-Lei Tsai / Nir Kalisman / David A Bushnell / Francisco J Asturias / Roger D Kornberg / 要旨: The structure of a 33-protein, 1.5-MDa RNA polymerase II preinitiation complex (PIC) was determined by cryo-EM and image processing at a resolution of 6-11 Å. Atomic structures of over 50% of the ...The structure of a 33-protein, 1.5-MDa RNA polymerase II preinitiation complex (PIC) was determined by cryo-EM and image processing at a resolution of 6-11 Å. Atomic structures of over 50% of the mass were fitted into the electron density map in a manner consistent with protein-protein cross-links previously identified by mass spectrometry. The resulting model of the PIC confirmed the main conclusions from previous cryo-EM at lower resolution, including the association of promoter DNA only with general transcription factors and not with the polymerase. Electron density due to DNA was identifiable by the grooves of the double helix and exhibited sharp bends at points downstream of the TATA box, with an important consequence: The DNA at the downstream end coincides with the DNA in a transcribing polymerase. The structure of the PIC is therefore conducive to promoter melting, start-site scanning, and the initiation of transcription. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AI" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -2-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -1-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BQ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -1-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 0-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "MA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -3-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "UA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN -3-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A -2-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5fmf.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fmf.ent.gz | 971.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fmf_validation.pdf.gz | 1021.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fmf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fmf_validation.xml.gz | 248.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fmf_validation.cif.gz | 359.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/5fmf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA REPAIR HELICASE ... , 2種, 2分子 1Y
#1: タンパク質 | 分子量: 56309.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase |
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#27: タンパク質 | 分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P06839, DNA helicase |
-タンパク質 , 2種, 2分子 2Q
#2: タンパク質 | 分子量: 19687.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P07273 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 20120.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P13393 |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 6種, 6分子 ABCGIK
#3: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 29921.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370 |
#9: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13942.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13113.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902 |
-RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX, ... , 3種, 3分子 DMU
#6: タンパク質 | 分子量: 20433.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433*PLUS |
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#15: タンパク質 | 分子量: 13588.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32773*PLUS |
#23: タンパク質 | 分子量: 17708.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41895*PLUS |
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ... , 5種, 5分子 EFHJL
#7: タンパク質 | 分子量: 24985.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 9675.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435 |
#10: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7647.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139 |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5252.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#16: DNA鎖 | 分子量: 22483.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
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#22: DNA鎖 | 分子量: 21908.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) |
-TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR ... , 5種, 5分子 OPRSV
#17: タンパク質 | 分子量: 13473.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32774 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P29055 |
#20: タンパク質 | 分子量: 18612.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P36100 |
#21: タンパク質 | 分子量: 14524.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P36145 |
#24: タンパク質 | 分子量: 20710.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P41896, DNA helicase |
-RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR B SUBUNIT ... , 2種, 2分子 WX
#25: タンパク質 | 分子量: 7338.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02939 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 7139.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7C1 |
-非ポリマー , 2種, 11分子
#28: 化合物 | #29: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: REFINED P-LOBE OF YEAST RNA POLYMERASE II PRE-INITIATION COMPLEX タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC pH: 7.6 詳細: 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年11月14日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPARX / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: SPARX | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 6 Å / 粒子像の数: 7578 / ピクセルサイズ(実測値): 1.315 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3114. (DEPOSITION ID: 13659). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 6 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
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