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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fj5 | ||||||
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タイトル | Structure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex | ||||||
要素 | MAJOR INNER PROTEIN P1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / POLYMERASE COMPLEX (ポリメラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | : / Major inner capsid protein P1 / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral nucleocapsid / RNA binding / identical protein binding / Major inner protein P1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ilca, S. / Kotecha, A. / Sun, X. / Poranen, M.P. / Stuart, D.I. / Huiskonen, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Localized reconstruction of subunits from electron cryomicroscopy images of macromolecular complexes. 著者: Serban L Ilca / Abhay Kotecha / Xiaoyu Sun / Minna M Poranen / David I Stuart / Juha T Huiskonen / 要旨: Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the ...Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the rest of the complex, or are present in sub-stoichiometric amounts, limiting the attainable resolution. Here we report a general method for the localized three-dimensional reconstruction of such subunits. After determining the particle orientations, local areas corresponding to the subunits can be extracted and treated as single particles. We demonstrate the method using three examples including a flexible assembly and complexes harbouring subunits with either partial occupancy or mismatched symmetry. Most notably, the method allows accurate fitting of the monomeric RNA-dependent RNA polymerase bound at the threefold axis of symmetry inside a viral capsid, revealing for the first time its exact orientation and interactions with the capsid proteins. Localized reconstruction is expected to provide novel biological insights in a range of challenging biological systems. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fj5.cif.gz | 269.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fj5.ent.gz | 226.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84163.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ) プラスミド: PLM358 発現宿主: PSEUDOMONAS SYRINGAE (シュードモナス・シリンガエ) 参照: UniProt: P11126 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BACTERIOPHAGE PHI6 POLYMERASE COMPLEX ASSEMBLED IN VITRO FROM PURIFIED PROTEINS P1, P2, AND P4 タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS / pH: 8 / 詳細: 50 MM TRIS |
試料 | 濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 4 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年6月12日 / 詳細: DOSE RATE 6-8 E- PER PIX PER SEC |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 160000 X / 倍率(補正後): 37037 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 81 K |
撮影 | 電子線照射量: 16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 834 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: TEMPLATE BASED / 解像度: 4.8 Å / 粒子像の数: 4379 / ピクセルサイズ(公称値): 1.3 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.35 Å / 倍率補正: ATOMIC MODEL 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3185. (DEPOSITION ID: 13852). 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4K7H | |||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.8 Å | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.8 Å
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