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万見
- PDB-5fbi: COMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbi
タイトルCOMPLEMENT FACTOR D IN COMPLEX WITH COMPOUND 3b
要素Complement factor DFactor D
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / 補体 / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...complement factor D / Alternative complement activation / complement activation, alternative pathway / 補体 / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5WD / Complement factor D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Ostermann, N. / Zink, F.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Small-molecule factor D inhibitors targeting the alternative complement pathway.
著者: Maibaum, J. / Liao, S.M. / Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Rudisser, S. / Lorthiois, E. / Erbel, P. / Kinzel, B. / Kolb, F.A. / Barbieri, S. / Wagner, J. / Durand, C. / Fettis, K. ...著者: Maibaum, J. / Liao, S.M. / Vulpetti, A. / Ostermann, N. / Randl, S. / Rudisser, S. / Lorthiois, E. / Erbel, P. / Kinzel, B. / Kolb, F.A. / Barbieri, S. / Wagner, J. / Durand, C. / Fettis, K. / Dussauge, S. / Hughes, N. / Delgado, O. / Hommel, U. / Gould, T. / Mac Sweeney, A. / Gerhartz, B. / Cumin, F. / Flohr, S. / Schubart, A. / Jaffee, B. / Harrison, R. / Risitano, A.M. / Eder, J. / Anderson, K.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1423
ポリマ－24,7391
非ポリマー4022
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.067, 50.655, 39.326
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Complement factor D / Factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D


分子量: 24739.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-5WD / 3-[(2-aminocarbonyl-1~{H}-indol-5-yl)oxymethyl]benzoic acid


分子量: 310.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 Microliter of protein solution was mixed with 1 microliter of reservoir solution. Protein solution: 18.3 mg/ml factor D, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM sodium chloride; Reservoir solution: 22% ...詳細: 1 Microliter of protein solution was mixed with 1 microliter of reservoir solution. Protein solution: 18.3 mg/ml factor D, 10 mM Tris pH 7.0, 100 mM sodium chloride; Reservoir solution: 22% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5; Soaking and cryo: 0.5 ul 100 mM compound 3b in 90% DMSO was added to the crystal containing drop and incubated for 45 min followed by the addition of 0.5 ul glyerol and flash freezing in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9837 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→30.36 Å / Num. obs: 36222 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FBE

5fbe


解像度: 1.47→30.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9611 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9571 / SU R Cruickshank DPI: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.066
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1955 1811 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1744 36220 99.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1164 Å20 Å2-0.1844 Å2
2--0.4022 Å20 Å2
3----0.2858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.148 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→30.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1763 0 29 165 1957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011839HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.072516HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes282HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1839HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.03
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion227SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2268SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.5 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 146 5 %
Rwork0.2037 2776 -
all0.2044 2922 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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