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- PDB-5f5q: Crystal structure of Canavalia virosa lectin in complex with alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5q
タイトルCrystal structure of Canavalia virosa lectin in complex with alpha-methyl-mannoside
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose binding / D-mannose binding / vasodilation / manganese ion binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Concanavalin V / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia cathartica (タカナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Osterne, V.J.S. / Silva-Filho, J.C. / Pinto-Junior, V.R. / Santiago, M.Q. / Lossio, C.F. / Delatorre, P. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of a lectin from Canavalia virosa seeds with inflammatory and cytotoxic activities.
著者: Osterne, V.J. / Silva-Filho, J.C. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Almeida, A.C. / Barreto, A.A. / Wolin, I.A. / Nascimento, A.P. / Amorim, R.M. / Rocha, B.A. / Delatorre, P. / Nagano, ...著者: Osterne, V.J. / Silva-Filho, J.C. / Santiago, M.Q. / Pinto-Junior, V.R. / Almeida, A.C. / Barreto, A.A. / Wolin, I.A. / Nascimento, A.P. / Amorim, R.M. / Rocha, B.A. / Delatorre, P. / Nagano, C.S. / Leal, R.B. / Assreuy, A.M. / Nascimento, K.S. / Cavada, B.S.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5878
ポリマ－51,0082
非ポリマー5786
水1,76598
1
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,17416
ポリマ－102,0174
非ポリマー1,15712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.250, 81.740, 86.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Concanavalin-A / Con A


分子量: 25504.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia cathartica (タカナタマメ) / 器官: Seed種子 / 参照: UniProt: P81461, UniProt: C0HJY1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 糖 ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド / Methylglucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, Ammonium sulphate, Glycerol / PH範囲: 8.2-8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.47 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.47 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→36.99 Å / Num. all: 14676 / Num. obs: 14676 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 67485
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRsym value% possible all
2.49-2.6340.1746.2614315180.950.0410.07468.6
7.88-36.994.30.07416.122495220.9890.0380.07294.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OW4

2ow4


解像度: 2.52→36.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / WRfactor Rfree: 0.2646 / WRfactor Rwork: 0.1933 / FOM work R set: 0.8091 / SU Rfree: 0.3376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 754 5.2 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1879 13883 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.02 Å2 / Biso mean: 27.912 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→36.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 30 98 3716
Biso mean--29.22 24.31 -
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023423
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.955063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.80637908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8955475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07924.706153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59715572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6291513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0672.7371891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0632.7361890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.444.0972360
LS精密化 シェル解像度: 2.523→2.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 56 -
Rwork0.255 904 -
all-960 -
obs--88.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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