PDB-5eog: Structure of full-length human MAB21L1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eog

タイトル

Structure of full-length human MAB21L1

要素

Protein mab-21-like 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Nucleotidyltransferase fold protein

機能・相同性

機能・相同性情報

eye development / camera-type eye development / anatomical structure morphogenesis /

nucleotidyltransferase activity /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / GTP binding /

ATP binding /

metal ion binding /

細胞核
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

de Oliveira Mann, C.C. / Witte, G. / Hopfner, K.-P.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and biochemical characterization of the cell fate determining nucleotidyltransferase fold protein MAB21L1.
著者: de Oliveira Mann, C.C. / Kiefersauer, R. / Witte, G. / Hopfner, K.P.

履歴

登録	2015年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eog.cif.gz	675.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eog.ent.gz	572.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eomC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eom-6 1rp3-1 5eom-3 5br7-d 5eom-4 2i06-d 2ewj-d 5eom-1 4muu-d 1u74-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein mab-21-like 1

B: Protein mab-21-like 1

D: Protein mab-21-like 1

F: Protein mab-21-like 1

C: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

207 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Protein mab-21-like 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.100, 176.990, 115.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein mab-21-like 1 分子量: 41259.617 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAB21L1, CAGR1, Nbla00126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13394
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1M Trisodium citrate 0.1M MES / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 50759 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 22.51
反射シェル	解像度: 3.05→3.13 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 1.157 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: initial model from Se-SAD

解像度: 3.05→48.592 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2795	2568	5.06 %
R_work	0.2226	-	-
obs	0.2254	50741	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→48.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13117	0	65	4	13186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	18147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.592	5103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.05-3.1087	0.4326	126	0.405	2635	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1087-3.1721	0.4186	138	0.3585	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1721-3.2411	0.4016	134	0.3328	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2411-3.3165	0.3701	137	0.2942	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3165-3.3994	0.3439	137	0.2805	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3994-3.4913	0.3595	156	0.277	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4913-3.594	0.3325	123	0.2695	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
3.594-3.7099	0.2952	151	0.2438	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7099-3.8425	0.3229	169	0.2369	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8425-3.9962	0.2867	171	0.2382	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9962-4.178	0.2923	142	0.2102	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.178-4.3982	0.2341	130	0.1966	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3982-4.6735	0.238	131	0.1813	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6735-5.034	0.251	153	0.1716	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
5.034-5.54	0.2583	141	0.2164	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
5.54-6.3401	0.3679	140	0.2423	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3401-7.9822	0.2626	151	0.2525	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9822-48.5981	0.2428	138	0.196	2745	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1455	0.008	1.598	1.2131	0.4014	3.2128	-0.657	-0.4597	0.3916	-0.443	0.0664	0.4622	-0.7687	-1.2575	0.4872	1.2431	0.0632	-0.2915	1.5247	0.1398	1.1934	186.6122	53.428	-89.6602
2	1.9641	-1.0495	1.352	2.4044	-2.6919	4.5003	-0.1326	-0.1507	0.0501	0.6057	0.16	0.0219	-0.6352	0.0046	0.0071	1.2642	-0.0682	-0.1304	0.8048	-0.0057	1.1769	232.1539	12.1889	-45.8609
3	5.1046	-2.82	-0.8766	4.5406	2.1799	4.1756	-0.4163	-0.594	1.122	-0.0649	0.1093	-0.2154	-0.9038	-0.3717	0.2206	1.1469	0.1331	-0.2218	0.8652	0.0113	1.0855	213.6198	78.8607	-65.3658
4	1.0058	0.3463	0.5328	2.3594	1.6445	6.8047	0.1123	-0.2728	0.0866	0.8097	-0.1597	-0.2115	0.6114	-0.3038	0.0234	1.1231	-0.2813	-0.1561	0.9805	0.1538	1.0943	240.393	56.6017	-38.753
5	4.0139	2.677	-0.2371	3.8752	0.6617	1.3505	0.0057	0.4164	0.0697	0.0428	-0.0801	0.1623	0.2898	-0.0936	0.0447	1.1807	-0.1542	-0.1885	0.8845	0.1007	0.8887	197.2434	8.3259	-78.9725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 0 through 359)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -2 through 359)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'D' and resid -1 through 359)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'F' and resid -2 through 359)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'C' and resid -1 through 359)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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