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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eh7 | ||||||
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タイトル | human carbonic anhydrase II in complex with ligand | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | LYASE / human carbonic anhydrase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.425 Å | ||||||
データ登録者 | Ren, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance, and X-ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination. 著者: Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Ryan, J.H. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eh7.cif.gz | 131.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eh7.ent.gz | 100.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eh7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5eh7_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5eh7_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5eh7_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5eh7_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5eh5C 5eh8C 5ehvC 5ehwC 5floC 5flpC 5flqC 5flrC 5flsC 5fltC 5fngC 5fnhC 5fniC 5fnjC 5fnkC 5fnlC 5fnmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 5種, 415分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#4: 化合物 | ChemComp-5O5 / |
#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, tris chloride / PH範囲: 8.61 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.425→41.6 Å / Num. obs: 45538 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.425→39.877 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.425→39.877 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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