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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+18 | ||||||
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タイトル | T. thermophilus transcription initiation complex having a YYY discriminator sequence and a nontemplate-strand length corresponding to TSS selection at position 8 (RPo-CCC-8) | ||||||
要素 |
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キーワード | transcription/dna/rna / DNA (デオキシリボ核酸) / Single-Stranded / DNA-Directed RNA Polymerases (RNAポリメラーゼ) / Gene Expression Regulation / Bacterial (細菌) / Promoter Regions / Protein Conformation / Sigma Factor (シグマ因子) / Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / Transcription Initiation (転写 (生物学)) / discriminator / consensus (合意形成) / RNA (リボ核酸) / abortive / sigma (Σ) / transcription start site / scrunching / transcription-dna-rna complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Ebright, R.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Multiplexed protein-DNA cross-linking: Scrunching in transcription start site selection. 著者: Winkelman, J.T. / Vvedenskaya, I.O. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Bird, J.G. / Taylor, D.M. / Gourse, R.L. / Ebright, R.H. / Nickels, B.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e18.cif.gz | 739.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e18.ent.gz | 583.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q8RQE7, ポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#6: DNA鎖 | 分子量: 6480.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 8630.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FI
#5: タンパク質 | 分子量: 50769.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: sigA, TTHA0532 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKW1 |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 2156.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-非ポリマー , 3種, 32分子
#9: 化合物 | ChemComp-MG / #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.31 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM potassium chloride, 50 mM magnesium chloride, 9.5% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 77809 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 101.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.098 / Rsym value: 0.086 / Χ2: 1.114 / Net I/av σ(I): 14.766 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 307176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4G7H 解像度: 3.3→38.345 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 249.17 Å2 / Biso mean: 115.649 Å2 / Biso min: 43.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→38.345 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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