PDB-5dje: Crystal structure of the zuotin homology domain (ZHD) from yeast Zuo1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dje

タイトル

Crystal structure of the zuotin homology domain (ZHD) from yeast Zuo1

要素

Zuotin

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) / HSP-40 / J-PROTEIN /

MOLECULAR CHAPERONE (シャペロン) / RIBOMSOME ASSOCIATION

機能・相同性

機能・相同性情報

translational frameshifting / 'de novo' cotranslational protein folding / protein folding chaperone complex /

ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity /

Hsp70 protein binding / rRNA processing /

ribosome binding /

フォールディング /

transcription coactivator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Shrestha, O.K. / Bingman, C.A. / Craig, E.A.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM31107	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U01GM098248	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U54GM094584	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U01GM094622	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Dual interaction of the Hsp70 J-protein cochaperone Zuotin with the 40S and 60S ribosomal subunits.
著者: Lee, K. / Sharma, R. / Shrestha, O.K. / Bingman, C.A. / Craig, E.A.

履歴

登録	2015年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dje.cif.gz	193.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dje.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j7t-d 4j7y-d 4jcz-d 4ntf-d 2uuz-d 6trp-d 1hlo-d 4nta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Zuotin

B: Zuotin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zuotin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Zuotin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.480, 70.260, 95.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Zuotin / / DnaJ-related protein ZUO1 / J protein ZUO1 / Heat shock protein 40 homolog ZUO1 / Ribosome- ...DnaJ-related protein ZUO1 / J protein ZUO1 / Heat shock protein 40 homolog ZUO1 / Ribosome-associated complex subunit ZUO1 分子量: 16865.471 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 166-303 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ZUO1, YGR285C / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P32527
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス / Bis-tris methane 分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: protein at 15 mg/ml was dissolved in 100 mM NaCl, 5 mM HEPES, 5 mM DTT, pH 7.5. One microliter of protein solution was mixed with one microliter of reservoir solution, 30% PEG 3350, 30 mM ...詳細: protein at 15 mg/ml was dissolved in 100 mM NaCl, 5 mM HEPES, 5 mM DTT, pH 7.5. One microliter of protein solution was mixed with one microliter of reservoir solution, 30% PEG 3350, 30 mM MgCl2, 100 mM BisTris, pH 6.5, 5 mM DTT and equilibrated against the reservoir at 4C (277K)

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: protein at 15 mg/ml was dissolved in 100 mM NaCl, 5 mM HEPES, 5 mM DTT, pH 7.5. One microliter of protein solution was mixed with one microliter of reservoir solution, 30% PEG 3350, 30 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日
放射	モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 31477 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.93
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→47.675 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2197	1902	5.73 %	Thin shells
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1765	31477	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2304	0	32	426	2762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.241	3251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.638	969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-1.8735	0.3451	193	0.3172	2238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8735-1.8981	10000000	0	0.2922	2479	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8981-1.9242	0.3426	197	0.2836	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9242-1.9516	0.3061	194	0.269	2299	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9516-1.9808	0.2871	192	0.2415	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9808-2.0117	10000000	0	0.2308	2473	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0117-2.0447	0.2462	196	0.2163	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0447-2.08	0.2718	194	0.2223	2279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.1178	0.2884	192	0.2157	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1178-2.1585	10000000	0	0.2038	2437	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1585-2.2026	0.2727	196	0.2042	2271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2505	0.2446	194	0.1919	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2505-2.3028	10000000	0	0.1772	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3028-2.3604	0.222	193	0.1735	2272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3604-2.4242	0.2452	193	0.1767	2314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4242-2.4956	0.2367	194	0.1696	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4956-2.5761	10000000	0	0.1814	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5761-2.6682	0.2698	192	0.1828	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6682-2.775	0.241	193	0.1938	2314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.9013	0.2876	189	0.1865	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9013-3.0542	10000000	0	0.1802	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0542-3.2455	0.2274	188	0.1796	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2455-3.496	0.219	192	0.1647	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.496-3.8477	0.1692	184	0.1445	2297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8477-4.4041	10000000	0	0.141	2486	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4041-5.5474	0.154	185	0.1297	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5474-47.6908	0.1593	178	0.1412	2305	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 43.7221 Å / Origin y: 45.1083 Å / Origin z: 71.7817 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1759 Å²	-0.0092 Å²	-0.008 Å²	-	0.2095 Å²	0.0056 Å²	-	-	0.2131 Å²
L	0.1587 °²	-0.0051 °²	-0.0003 °²	-	0.0907 °²	0.1919 °²	-	-	0.3264 °²
S	0.0308 Å °	0.0001 Å °	-0.002 Å °	0.0025 Å °	0.0002 Å °	-0.017 Å °	-0.0264 Å °	-0.0377 Å °	-0.0219 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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