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- PDB-4ntf: Mus Musculus LTC4 synthase in S-hexyl-GSH complex form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ntf
タイトルMus Musculus LTC4 synthase in S-hexyl-GSH complex form
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE / product analogs / lipid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / leukotriene biosynthetic process ...Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / leukotriene biosynthetic process / nuclear outer membrane / enzyme activator activity / lipid metabolic process / nuclear envelope / transferase activity / nuclear membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-HEXYLGLUTATHIONE / NICKEL (II) ION / PALMITIC ACID / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Niegowski, D. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: To be published
著者: Niegowski, D. / Rinaldo-Matthis, A. / Kleinschmidt, T. / Qureshi, A.A. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2318
ポリマ－17,6581
非ポリマー1,5737
水362
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,69224
ポリマ－52,9743
非ポリマー4,71921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
Buried area12050 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.107, 169.107, 169.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

NI

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / LTC4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase


分子量: 17657.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ltc4s / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q60860, leukotriene-C4 synthase

-
非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-GTX / S-HEXYLGLUTATHIONE


分子量: 392.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 2.0 M NH4SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-cacadylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93928 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.994→97.959 Å / Num. all: 11772 / Num. obs: 11772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 81.54 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.016 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.65-2.798.40.51428716991.576100
2.79-2.9611.70.71879616121.084100
2.96-3.1711.61.21763215260.628100
3.17-3.4211.22.51569314060.297100
3.42-3.7511.75.51514612950.137100
3.75-4.191112.31296211810.06100
4.19-4.8411.720.51230310550.035100
4.84-5.9311.219.799988950.035100
5.93-8.38112177006980.029100
8.38-48.81710.513.242554050.02399.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UUI with waters, ions and lipids removed.

2uui


解像度: 2.65→48.817 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8126 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 584 4.96 %Copied R-Free from PDB ID 2UUI: Random
Rwork0.2159 ---
obs0.2173 11766 99.95 %-
all-11772 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 207.88 Å2 / Biso mean: 82.9324 Å2 / Biso min: 33.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→48.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 70 2 1228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3671689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.863445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6501-2.91670.32111530.270327842937
2.9167-3.33870.30881500.232827442894
3.3387-4.20610.2431270.205228012928
4.2061-48.82520.22411540.211528533007
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7864-0.37611.03960.2114-0.37821.66140.617-0.545-0.8320.2963-0.4119-1.36280.51110.66172.86211.47891.5791-0.32951.21690.52560.824227.1802-32.7792-45.9572
21.7381-1.0623-0.99053.12051.36791.21490.1077-0.23650.3428-0.5171-0.04110.7147-0.5195-1.3602-0.00380.60550.2387-0.12860.83260.19770.72049.686-17.3434-61.5802
32.14711.34511.00242.1192-0.62173.00730.01-0.34940.82070.7397-0.10310.1353-1.4565-0.63510.20030.72390.2366-0.19480.3967-0.06940.563725.7204-11.7023-50.387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 73 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 145 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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