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- PDB-3hkk: Structure of human Leukotriene C4 synthase in complex with glutat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hkk
タイトルStructure of human Leukotriene C4 synthase in complex with glutathione sulfonate
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE / Leukotriene C4 synthase / Leukotriene biosynthesis / Membrane / Nucleus / Polymorphism / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity / leukotriene biosynthetic process / long-chain fatty acid biosynthetic process / nuclear outer membrane / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / nuclear envelope / nuclear membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / : / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE SULFONIC ACID / PALMITOLEIC ACID / PALMITIC ACID / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Pre-steady state kinetics of human Leukotriene C4 synthase
著者: Rinaldo-Matthis, A. / Wetterholm, A. / Holm, J. / Ohlsson, E. / Tibbelin, G. / Morgenstern, R. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2009年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5609
ポリマ－17,4121
非ポリマー2,1488
水1,11762
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,67927
ポリマ－52,2353
非ポリマー6,44524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation48_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area15790 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.718, 170.718, 170.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2042-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase / LTC4 synthase


分子量: 17411.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PPICZ / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#3: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-GTS / GLUTATHIONE SULFONIC ACID


分子量: 355.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O9S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.9532 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.339 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M AmSO4, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→98.564 Å / Num. obs: 9259 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 4.856
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 25.4 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. measured all: 33674 / Num. unique all: 1328 / Rsym value: 0.855 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PXSOFTデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2uuh

2uuh


解像度: 2.9→38.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.175 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 8.189 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.333 / SU Rfree: 0.265 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 440 4.8 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 ---
obs0.187 9214 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.36 Å2 / Biso mean: 46.433 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 87 62 1284
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5822.0241668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70519.78747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.22715174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9191513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7611.5739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39821144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8043567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9544.5524
LS精密化 シェル解像度: 2.904→2.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 31 -
Rwork0.221 611 -
all-642 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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