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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5diy | |||||||||
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タイトル | Thermobaculum terrenum O-GlcNAc hydrolase mutant - D120N | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GH84 / OGA / O-GlcNAc hydrolase / O-GlcNAcase (O-GlcNAcアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cardiac septum development / coronary vasculature development / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / aorta development / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / enzyme activator activity / 代謝 / heart morphogenesis ...cardiac septum development / coronary vasculature development / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / aorta development / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / enzyme activator activity / 代謝 / heart morphogenesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / 小胞体 / protein-containing complex / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermobaculum terrenum (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A. / van Aalten, D.M.F. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Evidence for a Functional O-Linked N-Acetylglucosamine (O-GlcNAc) System in the Thermophilic Bacterium Thermobaculum terrenum. 著者: Ostrowski, A. / Gundogdu, M. / Ferenbach, A.T. / Lebedev, A.A. / van Aalten, D.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5diy.cif.gz | 200.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5diy.ent.gz | 163.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5diy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5diy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5diy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 750.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 392-398 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15750 #2: タンパク質 | 分子量: 55478.367 Da / 分子数: 2 / Mutation: D120N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermobaculum terrenum (バクテリア) 遺伝子: Tter_0116 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D1CDN2 #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 38% PEG-4000, 400 mM sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl / PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→49.03 Å / Num. all: 237569 / Num. obs: 57769 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.06→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 5.992 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.583 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.06→49.03 Å
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拘束条件 |
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