+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d10 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Kinase domain of cSrc in complex with RL236 | ||||||
要素 | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase inhibitor / drug resistance (薬剤耐性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Becker, C. / Mayer-Wrangowski, S.C. / Julian, E. / Rauh, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Targeting Drug Resistance in EGFR with Covalent Inhibitors: A Structure-Based Design Approach. 著者: Engel, J. / Richters, A. / Getlik, M. / Tomassi, S. / Keul, M. / Termathe, M. / Lategahn, J. / Becker, C. / Mayer-Wrangowski, S. / Grutter, C. / Uhlenbrock, N. / Krull, J. / Schaumann, N. / ...著者: Engel, J. / Richters, A. / Getlik, M. / Tomassi, S. / Keul, M. / Termathe, M. / Lategahn, J. / Becker, C. / Mayer-Wrangowski, S. / Grutter, C. / Uhlenbrock, N. / Krull, J. / Schaumann, N. / Eppmann, S. / Kibies, P. / Hoffgaard, F. / Heil, J. / Menninger, S. / Ortiz-Cuaran, S. / Heuckmann, J.M. / Tinnefeld, V. / Zahedi, R.P. / Sos, M.L. / Schultz-Fademrecht, C. / Thomas, R.K. / Kast, S.M. / Rauh, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5d10.cif.gz | 117.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5d10.ent.gz | 89.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5d10.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d10 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32772.801 Da / 分子数: 2 / 変異: T338M, S345C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.085-0.125 mM MES, 9-11.5 % PEG20000 / PH範囲: 6.0 - 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5417 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Multilayer Optic (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 18728 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.39 % / Biso Wilson estimate: 28.017 Å2 / Rmerge F obs: 0.122 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 12.17 / Num. measured all: 44802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OIQ 解像度: 2.7→44.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.824 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.68 / SU B: 15.297 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.311 / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.03 Å2 / Biso mean: 28.792 Å2 / Biso min: 3.95 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.7→44.11 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
|