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- PDB-5czy: Crystal structure of LegAS4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5czy
タイトルCrystal structure of LegAS4
要素Legionella effector LegAS4
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SET domain
機能・相同性
機能・相同性情報


LegAS4-like, SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats ...LegAS4-like, SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシルメチオニン / Eukaryotic huntingtin interacting protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
Model detailscomplexed with PL-74
データ登録者Son, J. / Hwang, K.Y. / Lee, W.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Legionella pneumophila type IV secretion system effector LegAS4
著者: Son, J. / Jo, C.H. / Murugan, R.N. / Bang, J.K. / Hwang, K.Y. / Lee, W.C.
履歴
登録2015年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legionella effector LegAS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2085
ポリマ－55,5331
非ポリマー6754
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.249, 69.249, 200.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-735-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Legionella effector LegAS4 / LegAS4 / Eukaryotic huntingtin interacting protein B


分子量: 55533.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 63-545 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: legAS4 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZUS4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 断片: solvent / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 断片: substrate / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium citrate, 15 % (v/v) isopropanol, 10%(w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.832 Å / Num. obs: 28465 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.21 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 29.36 / Num. measured all: 490905
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.2-2.330.9230.5483.2929661465040130.5986.3
2.33-2.490.9680.3326.5946111438442460.34996.9
2.49-2.690.9920.22112.9770933406640650.227100
2.69-2.950.9980.13823.1482686376437640.142100
2.95-3.30.9990.08436.5875125343634360.086100
3.3-3.810.9990.06149.9765574304930380.06399.6
3.81-4.660.9990.04863.4755513261126110.049100
4.66-6.570.9990.04763.3142590205920590.048100
6.5710.04165.7822712123812330.04299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化開始モデル: SAD

解像度: 2.2→66.832 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 1443 5.08 %
Rwork0.2024 --
obs0.2046 28400 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→66.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 45 239 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1225081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5261399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1999-2.27860.46841150.46432239X-RAY DIFFRACTION82
2.2786-2.36980.28151350.26962515X-RAY DIFFRACTION92
2.3698-2.47770.33611460.2472668X-RAY DIFFRACTION98
2.4777-2.60830.31711410.2392736X-RAY DIFFRACTION100
2.6083-2.77170.25051500.22712759X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.98570.30371660.22832715X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.28620.24431540.22462756X-RAY DIFFRACTION100
3.2862-3.76170.26481430.19142788X-RAY DIFFRACTION100
3.7617-4.73910.18761720.15292789X-RAY DIFFRACTION100
4.7391-66.86320.19751210.16192992X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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