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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cwr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of human DNA polymerase lambda L431A mutant in complex with a one nucleotide DNA gap and dCTP | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / Polymerase lambda / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break ...DNA biosynthetic process / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / base-excision repair, gap-filling / nucleotide-excision repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, M.S. / Tsai, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016 タイトル: Structural Mechanism for the Fidelity Modulation of DNA Polymerase lambda 著者: Liu, M.S. / Tsai, H.Y. / Liu, X.X. / Ho, M.C. / Wu, W.J. / Tsai, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cwr.cif.gz | 174.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cwr.ent.gz | 131.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cwr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4xq8C 4xrhC 5ca7C 5cb1C 5chgC 5cj7C 5cp2C 5cr0C 5ddmC 5ddyC 5dkwC 3mgiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36507.617 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 250-575 / 変異: L431A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGP5, DNAポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 3種, 6分子 TFPEDC
#2: DNA鎖 | 分子量: 3390.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CGGCGGTACTG / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 1793.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 313分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15 M Potassium Bromide, 30% Polyethylene Glycol Monomethyl ether 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 41766 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.323 / Net I/av σ(I): 19.422 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 228026 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MGI 解像度: 2.5→28.123 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.123 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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