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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cqh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B | ||||||
要素 | DNA dC-dU-editing enzyme APOBEC-3B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / APOBEC / deaminase (脱アミノ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / 活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / : / cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing / : / P-body / defense response to virus / 自然免疫系 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Crystal Structure of the DNA Deaminase APOBEC3B Catalytic Domain. 著者: Shi, K. / Carpenter, M.A. / Kurahashi, K. / Harris, R.S. / Aihara, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cqh.cif.gz | 98 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cqh.ent.gz | 72.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cqh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21978.963 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 187-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UH17, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 |
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-非ポリマー , 5種, 192分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-DC / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, MES-NaOH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→40.7 Å / Num. obs: 19558 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 17.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.73→40.7 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→40.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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