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- PDB-5clw: Crystal structure of human glycogen branching enzyme (GBE1) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5clw
タイトルCrystal structure of human glycogen branching enzyme (GBE1) in complex with maltoheptaose
要素1,4-alpha-glucan-branching enzyme
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycogen storage disease type IV (GBE1) / cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycogen synthesis ...Glycogen storage disease type IV (GBE1) / cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / glycogen metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycogen synthesis / carbohydrate binding / negative regulation of neuron apoptotic process / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-alpha-glucan-branching enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krojer, T. / Froese, D.S. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...Krojer, T. / Froese, D.S. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Yue, W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human glycogen branching enzyme (GBE1) in complex with maltoheptaose
著者: Krojer, T. / Froese, D.S. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Yue, W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
C: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,5927
ポリマ－231,1103
非ポリマー3,4824
水3,081171
1
A: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1902
ポリマ－77,0371
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2133
ポリマ－77,0371
非ポリマー1,1762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1902
ポリマ－77,0371
非ポリマー1,1531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.689, 164.536, 313.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Brancher enzyme / Glycogen-branching enzyme


分子量: 77036.742 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 38-700 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBE1 / プラスミド: pFB-LIC-Bse / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q04446, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 3350 , 0.2M sodium succinate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→313.21 Å / Num. obs: 74191 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 73.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.8-3.134.70.7582.197113208760.6930.38499.8
6.26-313.214.30.05222.73003069240.9960.02899.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bzy

4bzy


解像度: 2.8→156.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9271 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.665 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.608 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.299
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 3710 5 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.197 74138 99.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1505 Å20 Å20 Å2
2--3.2452 Å20 Å2
3----4.3957 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.364 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→156.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15458 0 235 171 15864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116188HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0721993HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5418SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes346HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2374HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16188HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.55
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2038SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18063SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2924 267 4.94 %
Rwork0.2514 5139 -
all0.2534 5406 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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