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- PDB-5c58: A double mutant of serratia marcescens hemophore receptor HasR in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c58
タイトルA double mutant of serratia marcescens hemophore receptor HasR in complex with its hemophore HasA and heme
要素
  • HasR protein
  • Hemophore HasA
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / outer membrane receptor / transporter complex (運搬体タンパク質) / heme transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / cell outer membrane / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) ...TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemophore HasA / HasR protein
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.795 Å
データ登録者Becker, S. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2020
タイトル: Binding of HasA by its transmembrane receptor HasR follows a conformational funnel mechanism.
著者: Exner, T.E. / Becker, S. / Becker, S. / Boniface-Guiraud, A. / Delepelaire, P. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HasR protein
B: Hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9653
ポリマ－116,3492
非ポリマー6161
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area35340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.971, 114.619, 260.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 HasR protein


分子量: 94825.602 Da / 分子数: 1 / 変異: R297A, N800A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79AD2
#2: タンパク質 Hemophore HasA / Heme acquisition system protein A


分子量: 21523.205 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54450
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Tris pH 7 to 8, 1.8 to 2.2mM NaCl, 100mM K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→40 Å / Num. obs: 37882 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 13.26
反射 シェル解像度: 2.79→2.96 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 2.227 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre-2083_1692: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CSL, 1DK0

3csl

1dk0


解像度: 2.795→37.749 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 37.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2964 1882 4.98 %
Rwork0.2471 --
obs0.2496 37807 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.795→37.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6482 0 43 0 6525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6679079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2293873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031962
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7947-2.87030.47371220.45342458X-RAY DIFFRACTION89
2.8703-2.95470.42511390.38492753X-RAY DIFFRACTION100
2.9547-3.050.35781340.35212747X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.1590.39121530.32472766X-RAY DIFFRACTION100
3.159-3.28540.35021440.30452751X-RAY DIFFRACTION100
3.2854-3.43480.31331350.26352778X-RAY DIFFRACTION100
3.4348-3.61580.31431390.24132758X-RAY DIFFRACTION99
3.6158-3.84210.31481260.24942801X-RAY DIFFRACTION100
3.8421-4.13840.33321610.24132741X-RAY DIFFRACTION100
4.1384-4.55420.25231490.21012802X-RAY DIFFRACTION100
4.5542-5.21180.25631550.19742810X-RAY DIFFRACTION100
5.2118-6.56070.28081620.23732818X-RAY DIFFRACTION100
6.5607-37.75280.26771630.23162942X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81280.48720.84341.0219-0.31911.3085-0.05150.05430.0087-0.1095-0.0237-0.02370.11120.16070.08210.45870.0301-0.00761.0339-0.19630.7001-15.465224.364753.0491
21.1704-0.14980.32940.9824-0.95421.8323-0.13240.18960.1381-0.26220.09830.14260.1137-0.59560.07980.55260.0233-0.09821.0419-0.06510.6849-35.592827.373641.4136
31.9809-0.0111-0.42281.82620.44211.76470.2397-0.01870.08650.1003-0.1660.15540.34820.3047-0.19940.6340.117-0.04060.75350.02340.9515-16.26072.946258.6227
41.45890.36660.37041.66860.51891.4652-0.03330.7121-0.1449-0.58330.391-0.03350.9058-0.1095-0.33041.1541-0.13010.05481.8564-0.11870.6593-31.868717.80233.6661
56.1746-0.045-0.79085.3793.67762.61980.01750.6362-0.0516-0.11870.8187-0.20830.5467-1.5269-0.63881.15110.0730.00861.8744-0.09360.5729-40.215722.31345.2736
60.32470.11620.4460.87810.39841.5172-0.15390.23770.1948-0.30830.4504-0.55240.19930.3727-0.32421.3607-0.0408-0.07311.9948-0.11310.6795-34.442812.2105-4.9079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 113:485)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 486:752)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 759:865)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 2:90)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 91:103)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 104:174)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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