PDB-5adl: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5adl

タイトル

Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-((3-(Methylamino)methyl)phenoxy)methyl)quinolin-2- amine

要素

ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) /

INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) /

nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.205 Å

データ登録者

Li, H. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Phenyl Ether- and Aniline-Containing 2-Aminoquinolines as Potent and Selective Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase.
著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Pensa, A.V. / Kang, S. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2015年8月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5adl.cif.gz	341.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5adl.ent.gz	289.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5adl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5adl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/5adl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ad4C 5ad5C 5ad6C 5ad7C 5ad8C 5ad9C 5adaC 5adbC 5adcC 5addC 5adeC 5adfC 5adgC 5adiC 5adjC 5adkC 5admC 5adnC 5fj2C 5fj3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n6g-d 1p6l-d 4d39-d 4cu0-d 3jww-d 1m9r-d 4upq-d 9nse-d 4ups-d 6av2-d 3n5t-d 3n68-d 3jwy-d 6nh3-2 3nli-d 3hsp-d 4c3a-d 4cwy-d 5adj-d 3pnf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (22) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE

B: ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.958, 106.320, 157.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 7種, 350分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物	ChemComp-M85 / 7-[[3-(methylaminomethyl)phenoxy]methyl]quinolin-2-amine 分子量: 293.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉N₃O
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % 解説: OVERALL RMERGE 0.122 RPIM 0.056 CC ONE HALF 0.998 HIGHEST RESOLUTION SHELL RMERGE 2.336 RPIM 1.123 CC ONE HALF 0.278
結晶化	pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350 0.1M CACODYLATE, 140-200 MM MG ACETATE 5 MM TCEP, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 49484 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 48.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.21→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.205→39.176 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 110 TO 120 IN CHAIN A AND 111 TO 120 IN CHAIN B ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2059	4606	5 %
R_work	0.1604	-	-
obs	0.1627	48832	97.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.205→39.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6451	0	193	337	6981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	9368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	971
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2054-2.2304	0.3663	89	0.3446	1887	X-RAY DIFFRACTION	63
2.2304-2.2566	0.3589	148	0.3255	2899	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2566-2.2842	0.352	145	0.3188	2963	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2842-2.3131	0.3467	145	0.3183	3003	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3131-2.3435	0.3246	155	0.3041	2947	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3435-2.3756	0.3427	155	0.2967	2954	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3756-2.4095	0.3364	170	0.2986	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4095-2.4455	0.3838	156	0.2848	2931	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4455-2.4837	0.2809	165	0.2756	2954	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4837-2.5244	0.3076	181	0.2607	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5244-2.5679	0.2934	171	0.2509	2937	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5679-2.6146	0.2594	170	0.2355	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6146-2.6649	0.2944	154	0.225	2955	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6649-2.7193	0.2688	155	0.2178	2975	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7193-2.7784	0.2469	148	0.2136	2958	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7784-2.843	0.2898	120	0.1985	3013	X-RAY DIFFRACTION	99
2.843-2.9141	0.2265	143	0.1777	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9141-2.9929	0.2185	160	0.1627	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9929-3.0809	0.1947	172	0.1651	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0809-3.1803	0.1844	155	0.1508	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1803-3.2939	0.2576	147	0.1521	3006	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2939-3.4257	0.2016	164	0.1336	2984	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4257-3.5815	0.1648	147	0.1292	2965	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5815-3.7702	0.1672	164	0.1236	2954	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7702-4.0062	0.1728	146	0.1223	2942	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0062-4.3152	0.1715	158	0.1159	2930	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3152-4.7487	0.1453	163	0.1082	2968	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7487-5.4343	0.2081	121	0.122	2984	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4343-6.8408	0.1511	166	0.1407	2915	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8408-39.1826	0.1672	173	0.1349	2909	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0418	-0.286	-0.5226	1.6411	0.3119	1.7014	-0.0079	0.0051	0.0154	-0.204	0.0718	-0.2554	-0.0465	0.0841	-0.0381	0.1775	-0.0465	0.0206	0.167	-0.0057	0.1979	11.3305	10.3919	32.0364
2	1.1082	-0.3018	0.2677	1.3966	-0.8783	2.5413	0.0748	-0.1105	-0.0753	0.099	0.0283	0.0016	0.0283	-0.0533	-0.0825	0.1736	-0.0147	-0.0112	0.1897	0.0026	0.1854	2.6782	5.8375	68.0831

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 67:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESID 69:482)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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