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- PDB-5a6f: Cryo-EM structure of the Slo2.2 Na-activated K channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a6f
タイトルCryo-EM structure of the Slo2.2 Na-activated K channel
要素
  • GATING RING OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1
  • RCK2 ELABORATION OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1
キーワードTRANSPORT / ION CHANNEL (イオンチャネル) / POTASSIUM CHANNEL (カリウムチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Potassium channel domain / イオンチャネル
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily T member 1
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Hite, R.K. / Yuan, P. / Li, Z. / Hsuing, Y. / Walz, T. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the Slo2.2 Na(+)-activated K(+) channel.
著者: Richard K Hite / Peng Yuan / Zongli Li / Yichun Hsuing / Thomas Walz / Roderick MacKinnon /
要旨: Na(+)-activated K(+) channels are members of the Slo family of large conductance K(+) channels that are widely expressed in the brain, where their opening regulates neuronal excitability. These ...Na(+)-activated K(+) channels are members of the Slo family of large conductance K(+) channels that are widely expressed in the brain, where their opening regulates neuronal excitability. These channels fulfil a number of biological roles and have intriguing biophysical properties, including conductance levels that are ten times those of most other K(+) channels and gating sensitivity to intracellular Na(+). Here we present the structure of a complete Na(+)-activated K(+) channel, chicken Slo2.2, in the Na(+)-free state, determined by cryo-electron microscopy at a nominal resolution of 4.5 ångströms. The channel is composed of a large cytoplasmic gating ring, in which resides the Na(+)-binding site and a transmembrane domain that closely resembles voltage-gated K(+) channels. In the structure, the cytoplasmic domain adopts a closed conformation and the ion conduction pore is also closed. The structure reveals features that can explain the unusually high conductance of Slo channels and how contraction of the cytoplasmic gating ring closes the pore.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Atomic model / Other
改定 1.32017年8月30日Group: Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3063
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3063
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: GATING RING OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1
D: RCK2 ELABORATION OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9992
ポリマ－82,9992
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 GATING RING OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1 / SEQUENCE LIKE A CALCIUM-ACTIVATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT / SLO2.2


分子量: 79321.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8QFV0
#2: タンパク質・ペプチド RCK2 ELABORATION OF POTASSIUM CHANNEL SUBFAMILY T MEMBER 1 / SEQUENCE LIKE A CALCIUM-ACTIVATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT / SLO2.2


分子量: 3677.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PFASTBAC
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
配列の詳細THE REGISTER OF THE RESIDUES OF CHAIN D SAMPLE SEQUENCE FOR THE ENTRY IS UNKNOWN. HENCE THEY ARE ...THE REGISTER OF THE RESIDUES OF CHAIN D SAMPLE SEQUENCE FOR THE ENTRY IS UNKNOWN. HENCE THEY ARE CHANGED TO UNK. THE SAMPLE SEQUENCE CORRESPONDS TO UNP Q8QFV0.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SLO2.2 / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20 MM HEPES, PH 7.4, 300MM KCL, 1.5 MM DODECYL MALTOSIDE, 0.05 MG/ML POPE/POPG (3/1)
pH: 7.4
詳細: 20 MM HEPES, PH 7.4, 300MM KCL, 1.5 MM DODECYL MALTOSIDE, 0.05 MG/ML POPE/POPG (3/1)
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: 84 HUMIDITY 4 SECOND BLOT LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年7月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2000

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解析

CTF補正詳細: EACH IMAGE
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 粒子像の数: 24231 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.04 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.04 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3063. (DEPOSITION ID: 13532).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--EM
精密化最高解像度: 4.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4551 0 0 0 4551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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