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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a4i | ||||||
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タイトル | The mechanism of Hydrogen activation by NiFE-hydrogenases | ||||||
要素 | (Hydrogenase-1 ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HYDROGEN ACTIVATION / NIFE-HYDROGENASE / FES CLUSTER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration ...hydrogen metabolic process / fermentation / hydrogenase (acceptor) / anaerobic electron transport chain / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / hydrogenase (acceptor) activity / periplasmic side of plasma membrane / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / cellular response to starvation / outer membrane-bounded periplasmic space / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å | ||||||
データ登録者 | Evans, R.M. / Brooke, E.J. / Wehlin, S.A.M. / Nomerotskaia, E. / Sargent, F. / Carr, S.C. / Phillips, S.E.V. / Armstrong, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2016 タイトル: Mechanism of hydrogen activation by [NiFe] hydrogenases. 著者: Evans, R.M. / Brooke, E.J. / Wehlin, S.A. / Nomerotskaia, E. / Sargent, F. / Carr, S.B. / Phillips, S.E. / Armstrong, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a4i.cif.gz | 712.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a4i.ent.gz | 578.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5a4i_validation.pdf.gz | 834.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5a4i_full_validation.pdf.gz | 852.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5a4i_validation.xml.gz | 66.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5a4i_validation.cif.gz | 97.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/5a4i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hydrogenase-1 ... , 2種, 4分子 LMST
#1: タンパク質 | 分子量: 64766.402 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 1-582 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌) 遺伝子: hyaB, b0973, JW0955 発現宿主: ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌) 参照: UniProt: P0ACD8, hydrogenase (acceptor) #2: タンパク質 | 分子量: 36814.676 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 46-372 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌) 遺伝子: hyaA, b0972, JW0954 発現宿主: ESCHERICHIA COLI STR. K-12 SUBSTR. MC4100 (大腸菌) 参照: UniProt: P69739, hydrogenase (acceptor) |
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-糖 , 1種, 2分子
#10: 糖 |
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-非ポリマー , 9種, 953分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-CL / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | MUTATION D574N CREATED TO TEST FUNCTIONAL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % 解説: MERGING R FOR HIGHEST RESOLUTION BIN 2.5, CCHALF 0.5 |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 100 MM BIS TRIS PH 5.9, 22% (W/V) PEG 3350, 200 MM LISO4, 150 MM NACL, 1 MM TCEP, 0.02 % DDM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97944 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97944 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→32.53 Å / Num. obs: 468877 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.26 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3USC 解像度: 1.23→32.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.291 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.032 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→32.19 Å
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拘束条件 |
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