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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a14 | ||||||
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タイトル | Human CDK2 with type II inhibitor | ||||||
要素 | CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2サイクリン依存性キナーゼ2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CDK2 (サイクリン依存性キナーゼ2) / CYCLIN (サイクリン) / KINASE (キナーゼ) / TYPE II / INHIBITOR (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / サイクリン依存性キナーゼ / カハール体 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / response to organic substance / male germ cell nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Alexander, L.T. / Elkins, J.M. / Kopec, J. / Fedorov, O. / Savitsky, P.A. / Moebitz, H. / Cowan-Jacob, S.W. / Szklarz, M. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E.P. ...Alexander, L.T. / Elkins, J.M. / Kopec, J. / Fedorov, O. / Savitsky, P.A. / Moebitz, H. / Cowan-Jacob, S.W. / Szklarz, M. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E.P. / Krojer, T. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: Type II Inhibitors Targeting Cdk2. 著者: Alexander, L.T. / Mobitz, H. / Drueckes, P. / Savitsky, P. / Fedorov, O. / Elkins, J.M. / Deane, C.M. / Cowan-Jacob, S.W. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a14.cif.gz | 125.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a14.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a14.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/5a14 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34002.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: FLASHBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, サイクリン依存性キナーゼ, non-specific serine/threonine protein kinase | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 10%(W/V) PEG4000, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.05M AMMONIUM SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→67.27 Å / Num. obs: 26499 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→53.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.663 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.743 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→53.69 Å
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拘束条件 |
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