PDB-4zfv: Lipomyces starkeyi levoglucosan kinase bound to ADP and magnesium.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zfv

タイトル

Lipomyces starkeyi levoglucosan kinase bound to ADP and magnesium.

要素

Levoglucosan kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Sugar kinase / ATP-binding /

carbohydrate metabolism (炭水化物代謝)

機能・相同性

機能・相同性情報

levoglucosan kinase / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover /

kinase activity /

リン酸化 /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lipomyces starkeyi (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bacik, J.P.

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Producing Glucose 6-Phosphate from Cellulosic Biomass: STRUCTURAL INSIGHTS INTO LEVOGLUCOSAN BIOCONVERSION.
著者: Bacik, J.P. / Klesmith, J.R. / Whitehead, T.A. / Jarboe, L.R. / Unkefer, C.J. / Mark, B.L. / Michalczyk, R.

履歴

登録	2015年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月23日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zfv.cif.gz	221.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zfv.ent.gz	171.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yh5SC 4zluC 5bsbC 5bvcC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bvc-1 4yh5-d 4zlu-d 5tkr-1 5bsb-1 4zxz-d 4z22-d 6cqd-d 4v24-d 1sb9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levoglucosan kinase

B: Levoglucosan kinase

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.399, 114.399, 232.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1106- HOH

#1: タンパク質	Levoglucosan kinase 分子量: 49395.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lipomyces starkeyi (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B3VI55, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Equal volumes of reservoir buffer (22% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2 , ...詳細: Equal volumes of reservoir buffer (22% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2 , 0.5 mM TCEP, 20 mM Tris pH 7.5) were mixed.

結晶

マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.05 %

結晶化

温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Equal volumes of reservoir buffer (22% polyethylene glycol (PEG) 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5) and LGK (7 mg/ml) in crystallization buffer (50 mM NaCl, 2 mM ADP, 4 mM MgCl2 , ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.2 Å / Num. obs: 244767 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YH5

4yh5

解像度: 1.5→47.2 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1742	12339	5.04 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.1584	244650	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6712	0	74	1440	8226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	9637
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.267	2654
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1057
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2685	401	0.2526	7688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.517-1.5349	0.2568	382	0.2375	7652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.2746	409	0.2308	7676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5733	0.2469	419	0.2198	7689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5733-1.594	0.2432	421	0.2184	7664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2355	443	0.2042	7617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2086	429	0.2022	7690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6634	0.2083	390	0.1912	7661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6634-1.6894	0.2064	388	0.1842	7681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6894-1.7171	0.1922	408	0.18	7711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7467	0.1981	412	0.1789	7693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7467-1.7784	0.1892	414	0.1722	7679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1719	417	0.1639	7713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1742	427	0.1593	7671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8899	0.1696	407	0.1598	7698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9338	0.1565	409	0.1573	7718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9822	0.1688	406	0.1594	7720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9822-2.0358	0.1727	407	0.1485	7725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.0957	0.1739	407	0.1506	7762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0957-2.1633	0.1771	408	0.1483	7746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2406	0.1515	407	0.1453	7750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2406-2.3304	0.1651	410	0.1445	7764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3304-2.4364	0.1714	409	0.1466	7769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4364-2.5649	0.1569	410	0.1483	7796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5649-2.7255	0.1687	412	0.1474	7816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7255-2.9359	0.1643	411	0.1492	7826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.2313	0.1602	414	0.1488	7852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-3.6988	0.1617	417	0.141	7899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6988-4.6594	0.1397	414	0.1304	7912	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6594-47.2261	0.1772	431	0.1605	8073	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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