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- PDB-4zdw: Crystal structure of the Rab GTPase Sec4p mutant - S29V in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdw
タイトルCrystal structure of the Rab GTPase Sec4p mutant - S29V in complex with Sec2p and GDP
要素
  • Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
  • Ras-related protein SEC4
キーワードGTP binding protein / GTPase / GDP bound / Rab Sec4p / Sec2p
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore-type prospore membrane formation / ascospore-type prospore assembly / Golgi to plasma membrane transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / vesicle fusion ...ascospore-type prospore membrane formation / ascospore-type prospore assembly / Golgi to plasma membrane transport vesicle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / vesicle fusion / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / transport vesicle membrane / sporulation resulting in formation of a cellular spore / exocytosis / protein secretion / transport vesicle / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / autophagy / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein SEC4 / Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Rinadi, F.C. / Collins, R.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM069596 米国
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: New insights into the molecular mechanism of the Rab GTPase Sec4p activation.
著者: Rinaldi, F.C. / Packer, M. / Collins, R.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein SEC4
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
C: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7124
ポリマ－41,2693
非ポリマー4431
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.900, 119.280, 122.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Trimer according to Gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein SEC4 / Suppressor of RHO3 protein 6


分子量: 19134.889 Da / 分子数: 1 / 変異: S29V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC4, SRO6, YFL005W / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07560
#2: タンパク質 Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2 / GDP-GTP exchange factor SEC2


分子量: 11067.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC2, YNL272C, N0641 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17065
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were grown by mixing protein complex with a reservoir solution containing 24% PEG 3350, 0.2 M Sodium Citrate in a 1:1 ratio and with the addition of 10mM GDP to the drop.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→85.44 Å / Num. obs: 19416 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 5.1 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EQB

2eqb


解像度: 2.9→85.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 38.788 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29527 879 5.1 %RANDOM
Rwork0.25802 ---
obs0.25993 16492 89.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.65 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→85.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 28 16 2867
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9853867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0925344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95825.649154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.26715576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7771522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022117
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.512 22 -
Rwork0.326 385 -
obs--29.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0513-0.3474-1.7721.83470.17464.58120.10130.6896-0.1678-0.43180.1287-0.5856-0.10020.5966-0.230.25740.1060.08370.6052-0.10570.3454-25.7645-22.6123-18.6267
210.2794-4.361410.99522.238-4.834712.29760.5532-0.2945-0.4071-0.37130.00470.16040.6898-0.3482-0.55790.10010.0434-0.02140.08950.04430.0506-27.6483-27.940711.6846
36.011-3.65836.22892.3766-3.93826.8575-0.02270.35770.6335-0.0851-0.3983-0.30990.0740.44160.42110.15460.0831-0.06320.22580.00720.188-25.9688-22.860912.6412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2B52 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3C52 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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