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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z4v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 19mM fucose | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / fucose (フコース) / norovirus (ノロウイルス) / protruding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Norovirus GII.10 (ノロウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2015 タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid. 著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z4v.cif.gz | 263.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z4v.ent.gz | 210.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 224 - 538 / Label seq-ID: 1 - 315
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Norovirus GII.10 (ノロウイルス) プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5 #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 糖 | ChemComp-FUL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.984463 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.799→43.05 Å / Num. obs: 62752 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 16.73 | ||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ONU 解像度: 1.8→43 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.15 Å2 / Biso mean: 25.3622 Å2 / Biso min: 8.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→43 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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