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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yhz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of 304M3-B Fab in complex with H3K4me3 peptide | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Fab / Head-to-head dimerization / H3K4me3 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) ...Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å | |||||||||
データ登録者 | Hattori, T. / Dementieva, I.S. / Montano, S.P. / Koide, S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Antigen clasping by two antigen-binding sites of an exceptionally specific antibody for histone methylation. 著者: Hattori, T. / Lai, D. / Dementieva, I.S. / Montano, S.P. / Kurosawa, K. / Zheng, Y. / Akin, L.R. / Swist-Rosowska, K.M. / Grzybowski, A.T. / Koide, A. / Krajewski, K. / Strahl, B.D. / ...著者: Hattori, T. / Lai, D. / Dementieva, I.S. / Montano, S.P. / Kurosawa, K. / Zheng, Y. / Akin, L.R. / Swist-Rosowska, K.M. / Grzybowski, A.T. / Koide, A. / Krajewski, K. / Strahl, B.D. / Kelleher, N.L. / Ruthenburg, A.J. / Koide, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yhz.cif.gz | 104.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yhz.ent.gz | 77.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1350.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P68431*PLUS |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 24788.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ATCC 55244 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23269.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ATCC 55244 |
-非ポリマー , 3種, 182分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.29 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% glycerol, 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 42048 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YHY 解像度: 2.304→48.711 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.304→48.711 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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