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万見
- PDB-4ybj: Type II Dasatinib Analog Crystallized with c-Src Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ybj
タイトルType II Dasatinib Analog Crystallized with c-Src Kinase
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Protein kinase (プロテインキナーゼ) / inactive conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン ...SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4A9 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Kwarcinski, F.E. / Brandvold, K.B. / Johnson, T.K. / Phadke, S. / Meagher, J.L. / Seeliger, M.A. / Stuckey, J.A. / Soellner, M.B.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Conformation-Selective Analogues of Dasatinib Reveal Insight into Kinase Inhibitor Binding and Selectivity.
著者: Kwarcinski, F.E. / Brandvold, K.R. / Phadke, S. / Beleh, O.M. / Johnson, T.K. / Meagher, J.L. / Seeliger, M.A. / Stuckey, J.A. / Soellner, M.B.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7074
ポリマ－65,4532
非ポリマー1,2532
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.117, 120.062, 63.319
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-4A9 / 2-({6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-methylpyrimidin-4-yl}amino)-N-(3-{[3-(trifluoromethyl)benzoyl]amino}phenyl)-1,3-thiazole-5-carboxamide


分子量: 626.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H29F3N8O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 20% PEG 3350, 370 mM NaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 19186 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 45.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.94 / Net I/av σ(I): 20.265 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 145715
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.61-2.667.30.4149491.24299.9
2.66-2.77.40.339271.23499.6
2.7-2.767.40.2849641.19199.8
2.76-2.817.40.2749821.19799.8
2.81-2.877.50.2329101.21599.8
2.87-2.947.50.1999701.17999.8
2.94-3.017.50.1729851.156100
3.01-3.097.60.1479401.097100
3.09-3.197.60.1219701.044100
3.19-3.297.70.1049440.959100
3.29-3.417.80.0899400.962100
3.41-3.547.70.0819790.957100
3.54-3.77.80.0759340.961100
3.7-3.97.70.0689740.918100
3.9-4.147.80.0619590.834100
4.14-4.467.70.0559570.75100
4.46-4.917.70.0429670.546100
4.91-5.627.70.0429690.564100
5.62-7.087.70.0389850.518100
7.08-507.40.0289810.37499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2oiq

2oiq


解像度: 2.61→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8744 / SU R Cruickshank DPI: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.606 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1034 5.4 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
obs0.22 19137 99.92 %-
原子変位パラメータBiso max: 211.9 Å2 / Biso mean: 43.48 Å2 / Biso min: 4.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8749 Å20 Å20.8545 Å2
2--4.8198 Å20 Å2
3---1.0551 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.378 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3937 0 88 64 4089
Biso mean--45.45 22.45 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1853SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes690HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4190HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion518SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4876SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4190HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5754HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.75
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.75 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 167 6.06 %
Rwork0.2434 2591 -
all0.2451 2758 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05590.29340.66941.39950.32481.6188-0.01670.0448-0.0926-0.02020.0482-0.0292-0.2287-0.0186-0.0315-0.1054-0.0440.0660.026-0.0398-0.05918.523-2.41293.377
20.35980.204-0.63920.7901-0.20931.6552-0.01480.03640.0803-0.02560.03840.03710.2193-0.0288-0.0236-0.1076-0.0462-0.04690.06070.032-0.07611.449-22.80261.303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|259 - A|533 }A259 - 533
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|259 - B|533 }B259 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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