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- PDB-4y9t: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y9t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM AGROBACTERIUM VITIS S4 (Avi_5305, TARGET EFI-511224) WITH BOUND ALPHA-D-GLUCOSAMINE
要素ABC transporter, solute binding proteinATP-binding cassette transporter
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


ペリプラズム
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / ABC transporter, binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium vitis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM093342 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of an ABC transporter solute-binding protein specific for the amino sugars glucosamine and galactosamine.
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N. / Carter, M.S. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, solute binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6142
ポリマ－37,4351
非ポリマー1791
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.634, 63.611, 127.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, solute binding protein / ATP-binding cassette transporter


分子量: 37434.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium vitis (バクテリア)
株: S4 / ATCC BAA-846 / 遺伝子: Avi_5305 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9K0Q5
#2: 糖 ChemComp-PA1 / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン / グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5
識別子タイププログラム
DGlcpNaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (40.65 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-glucosamine); Reservoir (35 %(w/v) PEG 4000); Cryoprotection (Reservoir, Pause in air during transfer to liquid N2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 25086 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 18.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.141 / Χ2: 0.972 / Net I/av σ(I): 19.877 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 333857
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8313.60.7412370.8990.2030.7680.84887.1
1.83-1.8613.80.66212300.9040.1820.6870.86789.8
1.86-1.913.60.56712360.9260.1560.5890.90388.9
1.9-1.9413.70.47212180.9460.130.490.91286.8
1.94-1.9813.60.40812490.9610.1120.4240.94889.2
1.98-2.0313.70.35211980.9740.0970.3650.95286.1
2.03-2.0813.70.28912140.9760.080.30.97188.1
2.08-2.1313.60.25412140.9830.070.2640.96685.6
2.13-2.213.60.23312090.9840.0640.2410.96586.4
2.2-2.2713.60.2112020.9860.0580.2180.95985
2.27-2.3513.40.18212090.9880.0510.1890.93886.5
2.35-2.4413.40.16211960.9920.0450.1680.94283.4
2.44-2.5513.30.15111920.9910.0420.1560.89285.9
2.55-2.6913.20.13112030.9940.0360.1360.88984.7
2.69-2.8613.10.11312100.9950.0320.1180.85184.2
2.86-3.08130.10612110.9940.030.110.8684.7
3.08-3.3912.50.09812620.9930.0280.1020.89488.1
3.39-3.88120.09613720.9890.0280.10.99694.5
3.88-4.8912.70.10214730.9940.0290.1071.17899.4
4.89-10013.20.12415510.9930.0350.1291.52997.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→24.035 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 1267 5.08 %
Rwork0.1478 23688 -
obs0.1499 24955 87.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 307.21 Å2 / Biso mean: 26.2422 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.801→24.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2377 0 12 319 2708
Biso mean--11.15 29.08 -
残基数----321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3213318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.826878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8011-1.87320.2591370.192565270287
1.8732-1.95840.22591390.16892576271588
1.9584-2.06160.20161190.1522574269387
2.0616-2.19070.21541480.14862546269486
2.1907-2.35970.22071150.14692532264785
2.3597-2.59690.20221430.15752511265484
2.5969-2.97210.22351250.15632535266084
2.9721-3.74230.19621470.15322720286789
3.7423-24.03750.14211940.12743129332399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92360.6309-0.09442.1862-0.31672.2479-0.0690.3764-0.002-0.53510.11180.02150.1444-0.1567-0.01240.2097-0.0025-0.00720.22290.00880.118928.21464.181336.6808
21.24520.33470.05451.4728-0.25921.53260.0341-0.0456-0.05540.0768-0.0417-0.07760.03860.07520.00320.06930.01250.00780.0690.00690.107936.9547-3.539963.1325
31.0314-0.43920.00022.9266-2.2293.08640.0206-0.050.0360.24290.08150.1611-0.1668-0.0897-0.08070.0733-0.00010.0090.089-0.00940.121225.1478-1.608665.503
41.8317-0.33430.37421.81710.08822.65460.06070.40070.3156-0.2757-0.02080.2181-0.6012-0.0668-0.10080.28460.0158-0.01570.2280.07320.203626.345617.578839.8336
52.167-0.0936-0.71711.9138-0.36582.90290.09890.12230.26650.0567-0.1133-0.0713-0.67130.0652-0.00610.1675-0.0044-0.00930.10150.0060.13430.774116.178451.7448
60.61320.6657-0.33821.3275-1.7013.14120.03840.31340.41390.04910.11540.2016-0.6867-0.6611-0.25760.2440.09510.02320.21750.0910.297817.037213.451552.5077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 130 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 131 through 236 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 270 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 271 through 293 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 294 through 325 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 326 through 346 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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