PDB-4y7e: Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y7e

タイトル

Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus with mannohexaose

要素

Endoglucanase

セルラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Mannanase /

glycoside hydrolase family 5 /

actinomycete (放線菌目)

機能・相同性

機能・相同性情報

セルラーゼ /

polysaccharide binding /

cellulase activity / cellulose catabolic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces thermolilacinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Hatanaka, T. / Yao, M. / Kimura, A.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The loop structure of Actinomycete glycoside hydrolase family 5 mannanases governs substrate recognition
著者: Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Tagami, T. / Uraji, M. / Wan, K. / Okuyama, M. / Yao, M. / Kimura, A. / Hatanaka, T.

履歴

登録	2015年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y7e.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y7e.ent.gz	211.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wsuSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wn2-d 3wsu-2 3wsu-1 3wn1-d 2rhw-d 2man-d 3wn0-d 6dkt-4 6qe5-2 2rht-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoglucanase

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.709, 100.706, 104.737
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Endoglucanase / セルラーゼ分子量: 37337.402 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces thermolilacinus (バクテリア) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: F5HR99, セルラーゼ

-
糖 , 3種, 9分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,7,6/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス /

マンノース

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 807分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5%(v/v) Jeffamine(R) ED-2001 pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→48.7 Å / Num. obs: 117826 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.56 % / B_iso Wilson estimate: 9.9 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.905 / Net I/σ(I): 12.29 / Num. measured all: 537026

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.45-1.54		0.701	0.591	1.87	44707	19729	14802	0.71	75
1.54-1.64		0.848	0.471	3.17	73548	18624	18022	0.54	96.8
1.64-1.78		0.927	0.369	4.72	85135	17339	17325	0.412	99.9
1.78-1.94		0.97	0.229	7.3	78882	15984	15970	0.256	99.9
1.94-2.17		0.989	0.133	12.2	71773	14489	14480	0.148	99.9
2.17-2.51		0.994	0.091	16.97	63750	12873	12861	0.102	99.9
2.51-3.07		0.997	0.062	23.05	54205	10931	10917	0.069	99.9
3.07-4.33		0.999	0.035	36.68	42000	8555	8550	0.04	99.9
	4.33	0.999	0.03	41.76	23026	4949	4899	0.033	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1690	精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3WSU

3wsu

解像度: 1.5→46.462 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1727	2172	1.98 %
R_work	0.1458	-	-
obs	0.1464	109429	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4577	0	238	795	5610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.398	6874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.063	1795
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	786
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	870

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4999-1.5325	0.2601	101	0.2284	5410	X-RAY DIFFRACTION	80
1.5325-1.5682	0.2049	136	0.2057	6105	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5682-1.6074	0.1956	125	0.1904	6705	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6074-1.6509	0.2185	134	0.1801	6759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6509-1.6995	0.2056	142	0.1737	6762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6995-1.7543	0.1737	139	0.1647	6749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7543-1.817	0.2161	139	0.1566	6823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.817-1.8898	0.1733	135	0.1459	6782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9758	0.1874	133	0.1368	6832	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9758-2.0799	0.1606	139	0.1355	6774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0799-2.2103	0.1469	137	0.1286	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2103-2.3809	0.1766	147	0.1318	6834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3809-2.6205	0.169	136	0.1391	6861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.9996	0.1764	144	0.1403	6886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9996-3.7789	0.1365	137	0.1315	6952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7789-46.4842	0.163	148	0.137	7167	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4321	0.0554	-0.6334	4.439	-0.5669	3.5635	-0.0137	0.0431	-0.0178	-0.1414	0.0221	0.1715	0.0874	-0.153	-0.001	0.0544	0.0002	0.0003	0.062	-0.005	0.0823	30.5871	67.7199	-6.7179
2	2.3468	-0.5727	-1.6796	1.0886	1.0101	2.664	-0.037	-0.0937	-0.1065	0.0141	0.0354	-0.1102	0.1366	0.1271	0.0055	0.0511	-0.0038	0.002	0.05	0.002	0.078	51.6015	63.071	-2.3126
3	3.1142	0.6525	-3.1677	0.6591	-0.9534	3.382	-0.1376	-0.0289	-0.2355	-0.0955	-0.0263	-0.0801	0.1849	0.0893	0.1661	0.083	0.0042	0.0129	0.0635	-0.0097	0.1074	51.2478	55.0299	-11.7751
4	0.5651	0.0508	-0.2165	0.5848	0.0371	0.8289	-0.0317	0.0973	-0.0551	-0.1265	0.0165	-0.0313	0.0477	-0.014	0.0202	0.0904	-0.0044	0.0132	0.089	-0.0169	0.0844	45.7235	65.0441	-19.3477
5	1.2984	1.0074	0.1416	2.0973	0.0408	0.7794	-0.0162	0.1227	0.0434	-0.1443	0.0402	0.0692	-0.0305	-0.0752	-0.0131	0.0813	0.0103	0.0134	0.0911	-0.0054	0.07	41.1346	76.1973	-18.2965
6	1.6285	-0.468	0.6033	0.9338	-0.3093	0.682	0.035	0.0126	0.059	-0.0118	-0.0195	-0.0368	-0.0409	0.0394	-0.0157	0.0694	-0.0074	0.0132	0.0744	-0.0115	0.0734	49.7789	77.9606	-5.856
7	2.9643	2.1958	0.5298	2.5709	0.4591	0.3354	0.1238	-0.1995	0.0175	0.2265	-0.1288	0.0383	0.0053	-0.0135	0.0032	0.0914	-0.0003	0.0033	0.0827	-0.0069	0.0768	43.1135	71.8501	4.9695
8	3.0608	1.012	-0.3597	3.4322	0.5448	5.971	-0.0296	0.0002	0.0403	0.0538	-0.0022	0.3253	-0.1332	-0.2652	0.0068	0.0445	-0.0022	0.006	0.0588	-0.0011	0.1085	11.3038	35.0383	1.1571
9	1.8004	1.3916	0.8021	2.914	0.982	1.1192	-0.0018	0.1207	-0.0165	-0.1023	0.0539	-0.1192	-0.0518	0.0575	-0.0475	0.0525	0.0097	-0.002	0.0709	-0.0019	0.0825	32.0354	36.7671	-5.2446
10	2.7138	1.6811	1.5944	1.9166	1.0428	1.3546	-0.0969	0.1309	0.0017	-0.1059	0.1038	0.0126	-0.0969	0.093	-0.0187	0.0646	0.0018	0.0065	0.0653	0.0048	0.0799	31.4979	48.364	-2.2336
11	0.432	0.2864	0.4453	1.1188	0.5814	1.8921	-0.0051	0.0295	0.0329	0.038	0.0011	-0.0226	-0.0355	0.0415	0.0216	0.0516	-0.0057	0.0037	0.0631	0.0062	0.0936	28.8896	47.4159	6.1782
12	0.6499	-0.0272	0.2818	0.8025	0.0616	0.7442	-0.0211	-0.0684	0.0192	0.0896	0.0125	0.0249	-0.0089	-0.0185	0.0099	0.0681	0.0013	-0.0005	0.0644	0.0005	0.0796	23.1409	40.1655	13.4778
13	1.624	-0.9945	-0.6894	1.3064	0.0251	1.6698	0.0123	-0.1546	0.048	0.129	0.0268	-0.0111	0.0644	0.0753	-0.0282	0.0887	-0.0217	-0.009	0.0684	-0.0074	0.087	27.4598	25.8358	13.168
14	2.4633	0.501	-0.8798	5.0224	-0.8172	1.2895	-0.0406	0.0063	-0.1079	-0.0415	0.0307	0.0846	0.1301	-0.0011	0.0058	0.0723	-0.0087	-0.0086	0.0674	-0.0061	0.0532	23.3284	23.0608	5.7096
15	1.8348	-0.4965	0.0076	1.1464	-0.1389	0.2477	0.023	0.1034	-0.1441	-0.0633	-0.0051	-0.0138	0.0528	0.025	-0.0224	0.0743	-0.0021	0.0008	0.0726	-0.0154	0.0759	32.2064	27.2618	-4.1517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 51 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 126 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 221 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 222 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 252 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 326 through 352 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 71 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 72 through 103 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 104 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 165 through 251 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 252 through 285 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 286 through 302 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 303 through 349 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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