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Yorodumi- PDB-4y7e: Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4y7e | |||||||||
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Title | Crystal structure of beta-mannanase from Streptomyces thermolilacinus with mannohexaose | |||||||||
Components | EndoglucanaseCellulase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Mannanase / glycoside hydrolase family 5 / actinomycete | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cellulase / polysaccharide binding / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptomyces thermolilacinus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.5 Å | |||||||||
Authors | Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Okuyama, M. / Hatanaka, T. / Yao, M. / Kimura, A. | |||||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2015 Title: The loop structure of Actinomycete glycoside hydrolase family 5 mannanases governs substrate recognition Authors: Kumagai, Y. / Yamashita, K. / Tagami, T. / Uraji, M. / Wan, K. / Okuyama, M. / Yao, M. / Kimura, A. / Hatanaka, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4y7e.cif.gz | 264.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4y7e.ent.gz | 211.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4y7e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3wsuSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37337.402 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 36-349 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces thermolilacinus (bacteria) Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) RIL / References: UniProt: F5HR99, cellulase |
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-Sugars , 3 types, 9 molecules
#2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Sugar | ChemComp-BMA / |
-Non-polymers , 3 types, 807 molecules
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-CA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5%(v/v) Jeffamine(R) ED-2001 pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→48.7 Å / Num. obs: 117826 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.56 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.905 / Net I/σ(I): 12.29 / Num. measured all: 537026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 3WSU Resolution: 1.5→46.462 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→46.462 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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