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万見
- PDB-4xpz: Structure of fission yeast RNA polymerase II CTD phosphatase Fcp1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpz
タイトルStructure of fission yeast RNA polymerase II CTD phosphatase Fcp1-R271A bound to aluminum fluoride
要素RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphataseRNAポリメラーゼII
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Phosphatase (ホスファターゼ) / PolII-CTD / Transition state (遷移状態) / AlF3
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / signaling / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / twin BRCT domain / BRCT domain / S15/NS1, RNA-binding ...FCP1-like phosphatase, phosphatase domain / CTD phosphatase Fcp1 / CTD small RNA polymerase II polypeptide A phosphatase-like / FCP1 homology domain / NLI interacting factor-like phosphatase / FCP1 homology domain profile. / catalytic domain of ctd-like phosphatases / twin BRCT domain / BRCT domain / S15/NS1, RNA-binding / HAD superfamily/HAD-like / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Helix Hairpins / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フッ化アルミニウム / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
Model detailsStructure of a Fcp1 mutant (R271A) in complex with AlF3 and Mg
データ登録者Ghosh, A. / Lima, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM061906 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2015
タイトル: Genetic and structural analysis of the essential fission yeast RNA polymerase II CTD phosphatase Fcp1.
著者: Schwer, B. / Ghosh, A. / Sanchez, A.M. / Lima, C.D. / Shuman, S.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7945
ポリマ－42,2971
非ポリマー4974
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.692, 79.989, 89.132
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase / RNAポリメラーゼII / CTD phosphatase fcp1


分子量: 42297.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: fcp1, SPAC19B12.05c / プラスミド: TOPO-adapted pET28b-Smt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pRIL
参照: UniProt: Q9P376, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 35% PEG-550MME and 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. obs: 70713 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EF0

3ef0


解像度: 1.45→19.512 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 3549 5.07 %Random selection
Rwork0.1537 66518 --
obs0.1551 70067 98.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.57 Å2 / Biso mean: 26.6959 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→19.512 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2899 0 28 398 3325
Biso mean--45.2 38.47 -
残基数----364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.564248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6561223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4501-1.470.28431470.26722609275698
1.47-1.4910.28611410.2412574271597
1.491-1.51320.2411430.22642602274598
1.5132-1.53690.26431490.21382640278998
1.5369-1.5620.21051190.20752619273899
1.562-1.5890.20391360.18942663279998
1.589-1.61780.24571300.18612638276899
1.6178-1.64890.23471500.17492631278199
1.6489-1.68260.1911520.17042652280499
1.6826-1.71920.19341520.16342620277299
1.7192-1.75910.20121410.15912678281999
1.7591-1.80310.18621410.15912653279499
1.8031-1.85180.19151400.15082672281299
1.8518-1.90620.18681340.15092656279098
1.9062-1.96770.18551420.14972650279299
1.9677-2.0380.18981340.14622705283999
2.038-2.11950.18011430.14062667281099
2.1195-2.21580.15081390.138627172856100
2.2158-2.33250.16171450.13842678282399
2.3325-2.47830.17461460.140126932839100
2.4783-2.66920.16261430.142127362879100
2.6692-2.9370.17531510.149527252876100
2.937-3.36020.15881580.151627232881100
3.3602-4.22630.17181500.12692751290199
4.2263-19.5140.17661230.15982566268988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95960.28060.69690.68930.40791.8614-0.01310.0917-0.0113-0.03710.0365-0.0978-0.03350.1465-0.02560.0821-0.00320.01660.08660.00480.093511.7333.543643.1552
21.08040.2880.5370.96550.21530.7207-0.00820.0252-0.0113-0.03750.0310.11880.0486-0.0554-0.01930.082-0.01070.02610.10450.01430.1013-5.293534.226841.5939
32.7988-1.16970.34454.1376-0.15662.52930.0823-0.08290.3910.2370.0430.1207-0.3889-0.1055-0.10940.1675-0.00710.04660.12090.02410.2256-12.494554.171140.9073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 150 through 353 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 354 through 437 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 438 through 518 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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